海を蹂躙する脅威、それが「深海棲艦」。 その脅威に対抗できるのは、 「艦娘」と呼ばれる在りし火の艦艇の魂を持つ娘たちだけーー。 深海棲艦に対向する艦隊の拠点、「鎮守府」。 そこは、多種多彩な艦娘が集い、 そして日々の演習などで切磋琢磨しながら、共同生活をする場所。 その鎮守府になる日、一隻の艦娘が着任する。 彼女は、特型駆逐艦ーー。 その名を「吹雪」。 「吹雪です！よろしくお願いします！」 吹雪の、そして艦娘たちの物語が今始まります。