グランツライヒ王国の国王・ヴィクトール（藤重政孝）により、 王子専属の家庭教師＝“王室教師”として王宮に招かれたハイネ（植田圭輔）。 最初は反発していた王子たちも、一人一人と真摯に向き合うハイネに対して徐々に心を開くようになる。 コミュニケーションが苦手だった第二王子・カイ（安里勇哉）は克服する努力を始め、 一度は学者の道に迷った第三王子・ブルーノ(安達勇人)も国王を目指して、さらに勉学に励む。 教師嫌いだった第四王子・レオンハルト（廣瀬大介）は授業に前向きとなり、 密かに寂しさを抱えていた第五王子・リヒト（蒼井翔太）も父親と和解する。 王子たちは自分たちに理解を示してくれたハイネをかけがえのない存在に思い、 同時にハイネの教育によって成長。今では立派な国王候補となるべく日々奮闘していた。 それは、ロマーノ王国からやってきた双子の王子も同様。 天使のような外見とは裏腹に、 触るものみな傷つけるジャックナイフ王子・イヴァン（橋本祥平）、 ネガティブ思考のダークサイド王子・ユージン（阪本奨悟）、 ハイネは二人の王子に対しても教育的指導を施し、頑なだったイヴァンとユージンの心を溶かしていく。 そしてロマーノ国王の反対を押し切って、王子たちが舞踏会の催し物として行った 合唱は大成功を収め、王子たちの絆と共に国同士の友好も深まっていく。 ところが再びやってきた合同授業の日。 イヴァン、ユージンと共に現れたのは、グランツライヒ王国の元王室教師であり、 現在はロマーノ王国の王室教師を務めるヴェンヴィン（水谷あつし）とその助手・チタデッタ(上杉輝)だった。 その裏には、またもローゼンベルク伯爵（君沢ユウキ）の思惑が。 かつてグランツライヒ王国の王室教師の座を追われたヴェンヴィンは何やら企んでいるようで――。

赤い満月の夜、女子高生の綾月芽衣は、妖しげな奇術師チャーリーのマジックに誘われ箱の中へ。目を覚ますとそこは、明治時代の「東亰」だった！ 戸惑う芽衣を助けたのは、森鴎外と菱田春草。言われるがまま馬車に乗せられ、着いたところは鹿鳴館。高官たちが集う華やかな舞踏会の場で、泉鏡花、川上音二郎、小泉八雲、藤田五郎といった歴史上の人物たちと出会う。 この世界では、日没から明け方の「朧ノ刻(おぼろのとき)」に、「物の怪」たちが姿を現す。その姿を見ることができる者は「魂依(たまより)」と呼ばれ、芽衣もこの力を持っていた。慣れない生活の中、彼らと触れ合い芽生えていく恋心。「魂依」の力は、芽衣と彼らをより強い絆で結びつけていく。 しかし、現代に戻るチャンスは一か月後の満月の夜。芽衣が選ぶのは現代か、それとも…… 少し不思議な明治の東亰で、時を越えた恋の物語が開花する――

[仮装舞踏会（バル・マスケ）]との戦いを終え、平和を取り戻した御崎市。 存在亡き者・坂井悠二は、トーチでありながらも、 御崎市に定住を決めたシャナと共に学校生活を送っていた。 しかしそんな彼らの許に、 “ミステス”悠二が身の内に宿す宝具『零時迷子』を狙い、 新たな“徒”がやってきた。その蝶のようなシルエットを持つ“徒”は、 妖しく鈴を鳴らし自在法を展開した ─ 。 『零時迷子』の謎が紐解かれるとき、坂井悠二とシャナの物語が再び始まる。