ベルリたちを乗せたメガファウナが、ジット団を追ってビーナス・グロゥブを出発。だが、すでに地球圏の戦況は一変していた。大気圏外で睨み合っていたキャピタル・アーミィとアメリア軍、ドレット艦隊は、禁忌の存在であるカシーバ・ミコシの近傍でさらに激しく衝突を繰り返す……。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたメガファウナは金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。しかし、ベルリたちを出迎えたのは“地球への帰還＝レコンギスタ作戦”を目論むジット団だった……。

突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

ベルリたち救出のため出撃したデレンセンが海賊部隊のメガファウナを急襲。地球周回軌道上での宇宙戦闘を強いられたベルリは、恩師との対決とは気づかずにＧ-セルフで迎撃してしまう。一方、キャピタル・アーミィはＧ-セルフとラライヤ・マンディの身柄も要求し、エルフ・ブルックのマスク部隊に続き、ベッカーのウーシァ隊を出撃させる。その背後にはスコード教のタブーを無視するほどの危機――宇宙からの脅威の存在があった。

地球上のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワー。タワーを護るキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、初めての実習で宇宙海賊の襲撃に遭遇して捕獲に協力。捕まった少女アイーダに不思議な何かを感じたベルリは、彼女が「G-セルフ」と呼ぶ高性能モビルスーツを何故か起動できてしまう。宇宙世紀終焉後の時代、リギルド・センチュリーを舞台に少年少女の冒険は世界の真相に直進する。

2024年、世界は崩壊した― 廃墟となった日本の地には異形の化け物が巣食い、人々は細々と身を寄せ合って生きていた。中野で便利屋を営むキルコは、『この子を“天国”に連れて行って―』そう言い残し息を引き取った謎の女性に、少年・マルを託される。彼は「“天国”には俺と同じ顔をしたやつがいるらしい」と言うが…

キリト、ユージオ、アリス。 二人の修剣士と一人の整合騎士が最高司祭・アドミニストレータを打ち破ってから半年が経った。 戦いを終え、故郷ルーリッド村で暮らすアリス。 その隣には、親友を失い、自らも腕と心を失ったキリトの姿があった。 彼を献身的に支えるアリスに、以前のような騎士としての心は残っていない。 「教えて、キリト……どうすればいいの……」 しかし、アンダーワールド全土を悲劇へと誘う《最終負荷実験》へのカウントダウンは、容赦なく進む。 それと呼応するように、《ダークテリトリー》の深奥で、暗黒神ベクタが復活した。闇の軍勢を率い、《光の巫女》を手に入れるべく、《人界》へと侵攻を開始する。 《人界》軍を指揮する整合騎士ベルクーリらは、《ダークテリトリー》軍とのかつてない大戦争になることを決意する。 だがその傍らに、いまだアリスは見当たらない。そして、《人界》を救った英雄二人の姿も――。 『SAO』シリーズで最も長く、美しい戦い《アリシゼーション》編、その最終章がついに開幕！

「ここは……どこだ……？」 気づけばキリトは、なぜか壮大なファンタジーテイストの仮想世界にフルダイブしていた。 ログイン直後の記憶があやふやなまま、手がかりを求めて辺りを彷徨う。 そして、漆黒の巨木《ギガスシダー》のもとにたどり着いた彼は、一人の少年と出会う。 「僕の名前はユージオ。よろしくキリト君」 少年は仮想世界の住人――《NPC》にもかかわらず、人間と同じ《感情の豊かさ》を持ち合わせていた。 ユージオと親交を深めながら、この世界からのログアウトを模索するキリト。 そんな彼の脳裏に、ある記憶がよみがえる。 それは、幼少期のキリトとユージオが野山を駆け回る想い出――本来、あるはずのない記憶。 更にその想い出には、ユージオともう一人、金髪の髪を持つ少女の姿があった。 名前は、アリス。 絶対に忘れてはいけないはずの、大切な名前――。

2071年、極東―― 此処は荒ぶる神々の領域（ルビ：くに）。 2050年代初頭、突如出現した未知の生命体「オラクル細胞」は、 地球上のあらゆる対象を「捕喰」し始めた。 全てを喰らい、凶暴な生命体として多様に分化を遂げるその存在を、 いつしか人は、畏怖を持って「アラガミ」と呼んだ。 既存の兵器はアラガミの前に一切効果が無く、 都市文明は崩壊し、人類は徐々に生息圏を奪われていった。 そんな人類に一筋の光明がさす。 オラクル細胞を埋め込んだ生体兵器「神機」が開発され、 それを操る特殊部隊、通称「ゴッドイーター」が編成された。 荒ぶる神々に虐げられた世界で、「神を喰らうモノ」の明日なき戦いの幕があがる―。 バンダイナムコエンターテインメントの大ヒットアクションゲームを、 ハイクオリティなアニメーション制作で知られるufotableが映像化。 監督は『空の境界　矛盾螺旋』『魔女っ子姉妹のヨヨとネネ』や、ゲーム『GOD　EATER』シリーズのアニメーションパートを手掛けてきた平尾隆之。