時は大正25年。帝都トウキョウ。 華族出身の久世ツグミは、傾きかけた家を守るための結婚を決意したやさき、弟のヒタキが「稀モノ」と呼ばれる、読んだ者に大きな影響を及ぼす本が起こした事件に巻き込まれてしまう。 ツグミはこれをきっかけに「アウラ」と呼ばれる、稀モノに宿った情念の輝きが見えるようになるが、混乱する彼女の前に「帝国図書情報資産管理局」通称「フクロウ」と呼ばれる「稀モノ」を保護・管理する組織の人間が現れ「稀モノ」に関する調査協力を依頼される。 ツグミは戸惑いながらも「フクロウ」での「稀モノ」調査に取り組むことを決意するのだが――。 天秤のように揺らぎうつろう一人の少女の運命の物語。

世界中が戦場となった非核大戦で荒廃した世界を統合した総合管理局が運営する巨大人工都市オリュンポス。そこは『バイオロイド』と呼ばれるハイブリッドのクローン人間が運営する理想郷であり、彼らは優秀なヒトの遺伝子から作られていた。元ＬＡ市警ＳＷＡＴ隊員デュナン・ナッツと『ヘカトンケイル』である多機能サイボーグである相棒のブリアレオスは、そのオリュンポスにスカウトされ特殊部隊ＥＳＷＡＴ隊員として世界警察の名の下にテロリストと戦う日々を送っていた。人類の未来をバイオロイドに委ねた『方舟計画』が進む中、オリュンポスに牙を向く『人類解放戦線』の裏にはテロリスト集団『アルゴノーツ』の英雄アル・ケイデスの影があった。だが彼は二十年前に技術国家ポセイドンの攻撃で死んだはずだった――。