最高権力者ラインハルトの善政による改革が国民からも支持されている銀河帝国と、不敗の魔術師ヤンらの活躍も空しく、政府の腐敗による国力低下が著しい自由惑星同盟。両国間の勢力バランスに大きな変化が生じる中、第三の勢力フェザーンの自治領主ルビンスキーは、自由惑星同盟を見限り、大きな陰謀をめぐらせていた。ラインハルトは、幼い銀河帝国皇帝の誘拐と自由惑星同盟への亡命というその企みを知りながらも、自身の野望のため利用しようと考える。ヤンも同盟に最大の危機が迫りつつあることは予感していたが……。そんな中、正式な軍人になったユリアンをフェザーンの駐在武官に任命する命令が届く。

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リブラシティの事件から2年。 行方不明となったベムたち妖怪人間の行方を探し続けていた刑事・ソニアは、 目撃情報を元に「ドラコ・ケミカル」という製薬会社を訪れる。 そこで出会ったのは、逞しく成長し、たった一人で悪と戦い続けるベロ、 戦いを拒み、普通の女の子としての暮らしを望むベラ、そして、ベムにそっくりな姿の"ベルム"という男だった・・・。 ベルムは、自分のことをベムと呼ぶソニアとの接触以来、毎夜、悪夢にうなされることになる。 愛する妻と子どもに囲まれた暖かい家庭。優しい街の人々とのいつもの交流。気の置けない同僚と、やりがいのある仕事。 そんな、自分にとってごく普通の、変わらないはずの日常が、音を立てて崩れ落ちていく―。 「俺は一体、誰なんだ・・・？」 彼らの運命はすれ違い、交錯し、やがて妖怪人間誕生の秘密へと繋がる。 長年抱いていた夢の答え。果たして妖怪人間が選び取った未来とは・・・！？

数千年後の未来、宇宙空間に進出した人類は、銀河帝国と、自由惑星同盟という“専制政治”と“民主主義”の２つの異なる政治体制を持つ二国に分かれた。 この二国家の抗争は実に150年に及び、際限なく広がる銀河を舞台に、絶えることなく戦闘を繰り返されてきた。 長らく戦争を続ける両国家。銀河帝国は門閥貴族社会による腐敗が、自由惑星同盟では民主主義の弊害とも言える衆愚政治が両国家を蝕んでいた。 そして、宇宙暦8世紀末、ふたりの天才の登場によって歴史は動く。 「常勝の天才」ラインハルト・フォン・ローエングラムと、「不敗の魔術師」と呼ばれるヤン・ウェンリーである。 ふたりは帝国軍と同盟軍を率い、何度となく激突する。