あの子は青い鳥。 広い空を自由に飛びまわることがあの子にとっての幸せ。 だけど、私はひとり置いていかれるのが怖くて、あの子を鳥籠に閉じ込め、何も気づいていないふりをした。 北宇治高等学校吹奏楽部でオーボエを担当する鎧塚みぞれと、フルートを担当する傘木希美。 高校三年生、二人の最後のコンクール。 その自由曲に選ばれた「リズと青い鳥」にはオーボエとフルートが掛け合うソロがあった。 「なんだかこの曲、わたしたちみたい」 屈託もなくそう言ってソロを嬉しそうに吹く希美と、希美と過ごす日々に幸せを感じつつも終わりが近づくことを恐れるみぞれ。 「親友」のはずの二人。 しかし、オーボエとフルートのソロは上手くかみ合わず、距離を感じさせるものだった。

クリスマスが間近に迫ったある冬の日。学校に向かったキョンはいつもの日常と違うことに気づく。後ろの席にいるはずのハルヒがいない……。さらに驚くべき事に、その席に座っていたのは、(『憂鬱』にて)キョンを殺そうとして長門に消滅させられたはずの朝倉だった！

“退屈すること”を何よりも嫌う少年、石田将也。ガキ大将だった小学生の彼は、転校生の少女、西宮硝子へ無邪気な好奇心を持つ。彼女が来たことを期に、少年は退屈から解放された日々を手に入れた。しかし、硝子とのある出来事がきっかけで将也は周囲から孤立してしまう。やがて五年の時を経て、別々の場所で高校生へと成長したふたり。“ある出来事”以来、固く心を閉ざしていた将也は硝子の元を訪れる。これはひとりの少年が、少女を、周りの人たちを、そして自分を受け入れようとする物語――。

省エネを信条とする高校一年生、折木奉太郎は、ひょんなことから廃部寸前のクラブ｢古典部｣に入部することに。 ｢古典部｣で出会った好奇心旺盛なヒロイン、千反田える、中学からの腐れ縁、伊原摩耶花と福部里志。 彼ら4人が神山高校を舞台に、数々の事件を推理していく青春学園ミステリ。

｢この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、あたしのところに来なさい。以上!｣ 入学早々、時を止めるような挨拶をした涼宮ハルヒ。 そんなSF小説じゃあるまいし…と、誰でもそう思う…。しかしハルヒは心の底から真剣だった。 それに気づいたキョンをとりまく日常は、もうすでに超常になっていた…。 涼宮ハルヒが団長の学校未公式団体｢SOS団｣が繰り広げるSF風味の学園ストーリー。