いまだ人と、人ならざるものの世界が、分かたれてはいなかった古の物語。 リュドシエル率いる〈光の聖痕（スティグマ）〉と魔神族による聖戦は、ブリタニア全土を巻き込み激化。 3つの戒禁を取り込んだエスタロッサは暴走し、エリザベスを連れ去った。 キング、ゴウセル、ホーク、そしてサリエルとタルミエルはその後を追い、天空演舞場跡へとたどり着く。 一方、キャメロット城では、新たなる魔神王になると決めたメリオダスが、暗黒領域の繭の中で着々と戒禁を取り込み続けていた。 メリオダスの魂を救うために自ら煉獄へと身を投じたバンは、常人では決して生きられない瘴気の中を彷徨う。 明かされるエスタロッサの正体。 決壊するゴウセルの禁呪。 数多に絡み合う思惑の行く先は。 真の敵は誰なのか。討つべき者は何なのか。 “永遠の生”と“永劫の輪廻”という運命に抗い、3,000年の旅を続けてきた、メリオダスとエリザベス。 二人の旅路は、どのような結末を迎えるのか──。

あの戦いから2年。セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。「罪って許されるのか。」長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。敵の目的は何なのか？なぜ人々が病に倒れるのか？人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは―。

突如世界を襲った未曾有の大災害“セカンド・インパクト”。この影響で人類の半数近くは死にいたり、世界の各地には大破壊の痕跡が刻みこまれた。やっと平穏な日々が戻ったと思われたとき――14 歳の少年・碇シンジは父親から第3新東京市へ呼び出されて、出迎えを待っていた。 その眼前の山あいから、巨大な生物が出現！ それは「使徒」と呼ばれる正体不明の存在で、たちまち国連軍と激しい交戦を開始した。爆風に巻きこまれ、危機に陥るシンジ。その生命を救ったのは、葛城ミサトと名乗る女性だった。 ミサトの車で特務機関NERV（ネルフ）の本部へと連れていかれ、シンジは父と3年ぶりの再会をはたした。だが、シンジは父の碇ゲンドウから極秘裏に開発された巨大な人型兵器を見せられ、使徒との戦いを強要された。それがシンジと人造人間エヴァンゲリオン初号機との出逢いであった。 反発を覚えたシンジではあったが、女性パイロット綾波レイの重傷を目のあたりにして、逃げることを否定し、ついに自ら出撃を決意する。何の訓練も受けないままに、初めて使徒と対峙するEVA 初号機のシンジ。 世界の命運を託された14 歳の少年シンジは、はたしてどう戦うのか？ そして、セカンド・インパクトに隠されたキーワード 「人類補完計画」の真実とは？ すべての謎の鍵を握る碇ゲンドウは、シンジの苦闘をじっと見つめている……。

涙を流すマリア像、信徒の肉体に浮かび上がる聖痕――。 世界中から寄せられる“奇跡”をめぐる様々な現象は、真実なのか、まやかしなのか……？ その真偽を調査し、判別するのがバチカンに所属する「奇跡調査官」の務めだ。 天才的な頭脳を持つ平賀と、古文書・暗号解読のエキスパートであるロベルト。 強い信頼関係で結ばれた二人は、調査のために訪れた先で奇怪な事件に巻き込まれながらも、奇跡の真偽を見定めていく。 天才神父コンビの行く手に待ち受けるのは、神の導きか、悪魔の囁きか――!?