夜の墓場で「小山田まん太」が出会った少年、「麻倉葉」。 森羅学園に転校生としてやって来た彼は「あの世とこの世を結ぶ者」すなわち「シャーマン」だった。 600年前のサムライの霊「阿弥陀丸」と運命的な出会いを通して「麻倉葉」は「シャーマンの王：シャーマンキング」になるための資質を開花させていく。 そして宿命のライバル「道蓮」をはじめ、「世を浄化するシャーマンの王」を目指す様々なライバルたちの登場。 巨大な2つの彗星が夜空を駆け、世界中のシャーマン達にシャーマンキングの座を巡る闘いの始まりを告げる。 　そして今、運命の歯車が回りはじめる。

北海道・鵡川のビンボー牧場『みどり牧場』の期待を背負って生まれた桜花賞馬『ミドリコ』の仔馬は、まるで犬のような姿の白毛のチビだった。 牧場主の『飯富源次郎』は仔馬を処分しようと考えるが、息子の『勝』はそれを必死で止める。 実はこの仔馬は見た目に似合わず物凄いスピードとパワーを持っていたのだ。