満天の星に埋め尽くされた夏の夜空、宇宙ロケットの発射台がひと際大きくそびえ立つ種子島。 その空に浮かぶ「丸い虹」を見たことをきっかけに、ザワつく胸騒ぎに突き動かされて、 17歳の少年・真夏ダイチは、この南の島を訪れた。 そこで彼を待っていたのは、驚くべき出会い。 “アースエンジン”と呼ばれる白く輝く巨大ロボット、 そして“アースエンジン”を通して、顔をあわせる仲間たち―― 地下深くで眠り続けていた小麦色の肌の少女・夢塔ハナ。 “魔法少女”を自称する天才ハッカー・夜祭アカリ。 そして、静かな物腰のなかにどこか狂気を秘めた17歳のデザイナーズチャイルド・嵐テッペイ……。 遠宇宙から地球への侵攻を企む謎の知的生命体・キルトガングに立ち向かうため、 チームを結成することになる４人。 そしてダイチは、彼らとの絆を通して、自らの“キャプテン”としての才能を開花させていく。 ときに寄り添い、またときにはぶつかりあいながら綴られる、少年少女たちの“ひと夏の想い”。 決して忘れられないその想いが、美しい夜空に今、軌跡を描く。

世界大戦後の降りやまない雨の世界。細菌兵器の影響で、人々に見捨てられた最も危険な街【封印都市】。その、デパートのプラネタリウムに、ロボットの少女がいた。彼女の名前は“ほしのゆめみ”。彼女はプラネタリウムの解説員で、1年間にたった7日間しか稼働することができない壊れかけのロボットだった。そこで彼女は、30年間いつか誰かが訪れることを信じて、１人誰もいないこの世界で待ち続けた。そして、30年目の目覚めたその日に、彼女の前に１人の男が現れた。 「おめでとうございますっ！ あなたはちょうど、２５０万人目のお客様です！」 突如現れたロボットに警戒する男・“屑屋”。貴重物資を回収することを生業とする彼は、【封印都市】に潜入中、都市を徘徊する戦闘機械（メンシェン・イェーガー）の襲撃にあい、このプラネタリウムに迷い込んだのだった。 「プラネタリウムはいかがでしょう。 どんな時も決して消えることのない、美しい無窮のきらめき……。 満天の星々がみなさまをお待ちしています」 星すら見えなくなった滅びゆくこの世界で、彼はそこで何を見るのか。１年で７日間しか稼働できないロボットの少女が、目覚めたまさにその日に訪れた偶然。そこで起こった奇跡とは――。

恋と星空に憧れる天文部員、こずえ。夏休 み、友達の反対を尻目にひとり天体観測の旅 に出る。本当の理由は誰にも言えなかったけ ど、誰かに呼ばれているような、大切な何か を忘れているような、そんな不思議な気持ち を抑えることはできなかった。答えはきっと 星が教えてくれる・・・。妖しく光り輝く隕 石のカケラも、そんなこずえを後押ししていた。 旅先、こずえは一人の少年と出会う。寂しい 目をした孤独な少年、銀河。そんな彼に惹か れていくこずえだが、銀河の生まれ持った使 命は容赦なく二人を隔絶してしまう・・・。 銀河の持つ使命とは一体何なのか。 固く閉ざされた心の扉を開くため、こずえは 走る。満天の星空の下、キセキの夜が始まる―。