東京都中央区月島。 江戸時代より400年以上の歴史を刻む『髙耳神社』。 祀られたるそのご神体は、異世界から召喚され、すっかりひきこもったエルフでした。 ご神体のエルフ・エルダに仕えるのは、高耳神社15代目巫女の小金井小糸。 現代文明とオタク趣味をエンジョイするエルダに振り回されながらも、彼女が教えてくれる江戸の文化に胸をときめかせ、連綿と紡がれる月島の人々とエルダのつながりにほっこり。 でもやっぱりこのエルフ、ぐうたらすぎる！ しかも他の神社のエルフ&巫女コンビまで現れて……!? 江戸と令和をつなぐゆったり下町コメディ、始まります。

魔神（サタン）の血を引く少年・奥村燐は祓魔師（エクソシスト）である弟・雪男の指導の下、祓魔塾で仲間達と訓練に励んでいる。ある時、聖十字学園最深部に封印されていた「不浄王の左目」が奪われる。さらに京都出張所に封印されている「不浄王の右目」も何者かの襲撃を受け、燐たち祓魔塾生は霧隠シュラを隊長に増援部隊として京都へ向かう。犯人の目的は、江戸時代に数万人を殺したという悪魔「不浄王」の復活だった───！かつてない危機に陥った京都を救うことができるのか!?

二六〇年あまり続いた江戸時代が終焉を迎え、明治という新たな時代が幕を開け始める。 しかし、そこには士道を貫かんと、身命を賭して戦い続ける男たちがいた。 薩長土を中心とした新政府軍と、徳川家臣を中心とした旧幕府軍との熾烈な争い―― 戊辰戦争に身を投じていく新選組。 自らの宿命に手繰り寄せられるように、彼らは苛烈な道へ歩を進めていく。 慶応四年一月。鳥羽伏見の戦いに敗れ、江戸へ戻った新選組。新政府軍との再戦を望む彼らに待っていたのは、甲府城で敵を迎え撃つこと。 己の信じた士道に従い戦いをあきらめない土方らに、千鶴も決意をもって接することとなる。 また、新たな勢力の拡大によって、羅刹と鬼の関係にも変化が生じていくのだった。