ギアーデ帝国が開発した 完全自律無人戦闘機械〈レギオン〉の侵攻に対応すべく、 その隣国であるサンマグノリア共和国が開発した無人戦闘機械〈ジャガーノート〉。 だが、無人機とは名ばかりであり、そこには“人”として認められていない者たち―― エイティシックス――が搭乗し、道具のように扱われていたのである。 エイティシックスで編成された部隊〈スピアヘッド〉の隊長である少年・シンは、 ただ死を待つような絶望的な戦場の中で、ある目的のために戦いを続けていた。 そこに新たな指揮管制官〈ハンドラー〉として、 共和国軍人のエリート・レーナが着任する。 彼女はエイティシックスたちの犠牲の元に成り立つ共和国の体制を嫌悪しており、 “人型の豚”として蔑まれていた彼らに人間として接しようとしていた。 死と隣り合わせに最前線に立ち続けるエイティシックスの少年と、 将来を嘱望されるエリートの才女。 決して交わることがなかったはずのふたりが、 激しい戦いの中で未来を見る――。

――自由って、なんて美しく、なんて過酷なんだろう グレイス＝フィールドハウスから脱出した15人の子どもたち。 偽りの楽園を捨て、自由を求めた彼らを待ち受けるのは、見たことのない植物や動物、そして追ってくる“鬼”……美しくも、立ち向かうにはあまりにも過酷な外の世界。 でも、子どもたちはあきらめない。 “ミネルヴァ”からのメッセージ、ノーマンが遺した1本のペンに導かれ、明日を目指す。 ハウスに残した“家族”を迎えに行く、その約束を果たすために。

突然終わりを告げた、 グレイス＝フィールドハウスの幸せな日常。 ハウスは農園。 子どもたちは、鬼に飼われる食用人間。 大好きだったママは子どもたちの監視役。 「これ以上、家族が死ぬのは嫌だ…！」 そう願ったエマ達は、日常に潜んでいたあらゆる意図を解き明かしていく。 鬼vs子ども、命をかけた脱獄計画が始まる――