淡路島激闘編、ここに開幕――！ 鬼神の襲来により、人ではなく“鬼”が覇権を握る日ノ本。 “最強の武士団”結成を誓い、故郷を飛び出した武蔵と鐘巻小次郎は 旅の途中で出会った服部つぐみと3人で「鐘巻武士団」を結成。 鬼を倒す唯一の武器である「鬼鉄刀」を手に入れ、夢への一歩を踏み出した。 そして播磨で、武蔵たちは上杉竜臣率いる大武士団「上杉武士団」と出会う。 彼らの目的は、淡路島を飲み込んだ巨大鬼神“砲戦竜八岐大蛇”の討伐。 そこには武田尚虎率いる「武田武士団」や 武蔵と同年代の武士である島津秋弘や尼子勝巳たち どこか浮世離れした人見知りの姫・猿渡みちるの姿もあった。 さまざまな思惑が渦巻くなかで、武蔵たちも鬼神退治に参戦する。 対する八岐大蛇は、“一度も傷ついたことがない”鉄壁の鬼神。 武蔵たちの新たな闘いは、いまだかつてないほど 苛烈を極めようとしていた――。

時は戦国時代、日ノ本。 突如現れた“鬼神”により、覇権を争っていた戦国武将はことごとく討ち死にし、人の世は終わりを告げる。 それから150年、鬼神による支配に抗い、自由を求めて戦い続ける者たちがいた――その名は“武士団”。 幼い頃、小次郎の父から聞かされた武士の姿に憧れた武蔵と小次郎は、“最強の武士団”結成の夢を誓い合う。しかし、鬼を神と崇める町で、人々にとって武士は悪とされる存在。武蔵は周りの空気に合わせ「武士になりたい」と声に出せず、小次郎もまた武士の子として人々から疎まれていた。 自分の生き方に葛藤を抱えていた武蔵がある日、目にしたのは無感情に人間を引き裂く鬼の姿。 その真実を前に、武蔵は小次郎との夢を叶えるため、圧倒的な力を誇る鬼に立ち向かう…！