第二次ネオ・ジオン戦争（シャアの反乱）から12年。U.C.0105――。地球連邦政府の腐敗は地球の汚染を加速させ、強制的に民間人を宇宙へと連行する非人道的な政策「人狩り」も行っていた。そんな連邦政府高官を暗殺するという苛烈な行為で抵抗を開始したのが、反地球連邦政府運動「マフティー」だ。リーダーの名は「マフティー・ナビーユ・エリン」。その正体は、一年戦争も戦った連邦軍大佐ブライト・ノアの息子「ハサウェイ」であった。アムロ・レイとシャア・アズナブルの理念と理想、意志を宿した戦士として道を切り拓こうとするハサウェイだが、連邦軍大佐ケネス・スレッグと謎の美少女ギギ・アンダルシアとの出会いがその運命を大きく変えていく。

マフィアの支配する街・エルガストルムで宅配から殺し、護衛に人探しまで、 なんでも請け負う【便利屋】を生業にするウォリックとニコラス。 2人は警察やマフィアからも一目置かれ、どの組織にも所属しない 中立な存在として、様々な依頼を引き受けていた。 そしてある日、警察から舞い込んだ依頼で、1人の娼婦と出会う。 閉ざされたこの街でしか生きられない健常者(ノーマル)たちと 『黄昏種(トワイライツ)』と呼ばれる超人的な能力を持つ者たち。 つながり続ける、過去と現在。重なり合う、使命と運命。 ――2人と一人が出会ったとき、街の混沌は加速する

リュウがサガットを打ち破ってから数年後。犯罪シンジケートシャドルーの魔の手が世界中に及び、各地でテロ活動などが相次いでいた。 事態を重く見たインターポールはアメリカ空軍と協力し、シャドルーの壊滅作戦へと動き出す。 一方、シャドルーの総帥たるベガは優れた格闘能力を持つ素体を見つける為に、「モニターサイボーグ」なるスパイロボットを各地へ配置していた。 その最も有力な標的は、「自分より強い奴に会う」という目標を抱え、流転の旅を続けながらストリートファイトに励む格闘家・リュウであった。