世界を分かつのは、冷戦状態にあるふたつの大国。一度は征服しながらも、いまでは衰退しつつある軍事国家・ドナティア帝国。 もう一方は、かつては遅れをとったが、いまや旭日の極みにある黄爛国。 その中間地点には、世界の覇権をめぐって相争う大国の間で翻弄され続けてきた島国――ニル・カムイが存在した。

若き「超人主義者」たちを巻きこんだ新宿騒乱。暴走する破壊活動を起こした爾朗は、超人課を離脱して孤高の旅路へと出奔した。 世界大戦終結から四半世紀――神化45年を境界として、何もかもが激変する。日本という国家の性質、超人たちに対する態度、 冷戦構造を前提に緊迫する国際情勢、内政や商業活動に大きく干渉してくるアメリカ。 もはや神化40年代前半の高揚した時期に戻ることはできないのだ。 　そして「超人」は、もはや特殊能力を悪事に使うアウトロー集団か、それを権力のもと弾圧する国家機関に配属された超人かで二分されるようになった。 そこに「超人」の自由はないのか。国家に隷属する以外の行動の選択はないのか。 　幾重にも折り重なった人の思惑、交錯する社会的立場と地位の中、アウトローとなった人吉爾朗にとって、 「超人を護りたい」という行動原理の遂行は、より苦難に充ち、孤高の道となっていく。 　流れの中心には、爾朗自身に隠された秘密があるのだが、まだ彼はそれを知らない。 　第１シーズンでモザイクのように散りばめられた無数の要素が、新たに語られる超人や秘匿されてきた歴史の真実と化合してスパークを放つ。 「もうひとつの日本」で展開する多彩な超人たちの饗宴は、いまクライマックスへと高まる！

平安の闇に吼える金狼。 豪華絢爛、雅な貴族文化が花開き、 霊的結界によって厳重に守護されし都──平安京。 しかし、その栄華の様相は日暮れとともに変貌を遂げる。京に結界を張る呪術集団・陰陽師が実際に護るのは、都市の北端中央に位置する中枢部“光宮（コウグウ）”のみ。市井の陰には、人の魂を喰らう物の怪“火羅（ホラー）”が住み着き、平安京の夜闇を跋扈していた。 陰陽師が光宮の護り手であるように、民の護り手となる者も存在する。 闇の世界で火羅を討滅せし者──それが“魔戒騎士”と“魔戒法師”。魔戒騎士は、鎧を召還して手にする圧倒的な戦闘能力で火羅と戦い、魔戒法師は、魔導力による法術を駆使し魔戒騎士をサポートする。 魔戒法師・星明（セイメイ）に拾われ、魔戒騎士として育てられた青年・雷吼（ライコウ）は、従者の金時（キントキ）とともに、都に暮らす人々を護るため日々奔走していた。 平安京に渦巻く闇から、次々と生まれ出でる火羅。はたして、雷吼たちが立ち向かう先にあるものとは──

エドワードとその弟アルフォンスは、幼き日に亡くした母親を思うあまり、死んだ人間を蘇らせるという錬金術最大の禁忌、人体錬成を行ってしまう。 しかし錬成は失敗し、エドワードは左足を、アルフォンスは体全てを失う。 己の右腕と引き換えに、かろうじて弟の魂を錬成し、鎧に定着させることに成功したが、その代償はあまりにも大きすぎるものであった。 エドワードはアルフォンスと共に、失った全てを取り戻すため、絶大な力をもつ「賢者の石」を探す旅に出る。 右手と左足を鋼の義肢「機械鎧（オートメイル）」に変えた彼を、人は「鋼の錬金術師」と呼ぶ･･･。

ふたつの世界に引き裂かれたエルリック兄弟は、それぞれ再会を願ってその手段を探し求めていた。兄、エドワード・エルリックが飛ばされてしまった先は、西暦1923年...やがて世界大戦につながる動乱の予感をはらんだドイツ・ミュンヘンであった。得意の錬金術を封じられてしまったエドは、弟の面影をもつ若者アルフォンス・ハイデリヒの力を借りて、科学技術の粋・ロケット工学の力で故郷へ帰ろうと試みていた。だが、なかなか手がかりは得られず、エドは焦燥をつのらせる。

時は22世紀。木星から現れた謎の侵略者達の 脅威が地球に迫った時、民間企業のネルガル 重工は、独自に大型新造戦艦・ナデシコを建 造した。 テンカワ・アキトは、幼い頃会った覚えのあ る少女を追って、機動戦艦ナデシコに出会う。 ミスマル・ユリカとともに、木星からの侵略 者と闘う事になったアキトと地球の運命は？

21世紀初頭の東京。母子で暮らす高校生・神 名綾人は、模試会場に向かう途中に突如上空 に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。破 壊された街で、綾人は自分の描いた絵に酷似 した風景の中で、不思議な少女・美嶋玲香に 出逢う。玲香に導かれるようにして地下鉄に 乗り、神殿にたどりついた綾人は、卵から巨 大な人型の存在「ラーゼフォン」が出現する 瞬間にめぐりあわせた。「真実を見せる」そ の言葉に従って、謎の女性・紫東遙と ＶＴＯＬで東京を脱出しようと試みた綾人 は、玲香に導かれてラーゼフォンに同調、体 内へと入っていく。ついに目覚めのときがき た。超兵器ドーレムを粉砕したラーゼフォン は、そのまま東京から飛び去っていった。外 から故郷を見た綾人は、そこに巨大な木星の ような「TOKYO JUPITER」を目撃する。謎の 存在ＭＵに占拠された首都は、不思議な膜に 閉鎖され、住民は偽りの生活をさせられてい た。しかも外部には、12年も先の時間が流れ ていたのだった…。 東京を支配する「青い血」の人間とは何者 か？綾人とラーゼフォンには、どんな関係が あるのか？そして真実の世界で、綾人を待ち 受ける運命は何か？