シャロ、ネロ、エリー、コーデリアの４人は、トイズと抜群のチームワークで数多くの事件を解決してきた「ホームズ探偵学院」の人気者。彼女たち「ミルキィホームズ」は学生だけでなく偵都ヨコハマの市民たちからも憧れの的だった。だが、ある嵐の夜、宿敵「怪盗帝国」とのバトルの最中に「ミルキィホームズ」の4人はそれぞれのトイズを失い、その運命は激変してしまう・・・。

偵都ヨコハマに世の中を揺るがす『怪盗帝 国』とそれを正す少女探偵団『ミルキィホー ムズ』が現れてから２年。 ヨコハマの街にはつかの間の平穏が訪れていた。 その街に住むカズミとアリスは幼馴染同士の １３歳。違う探偵学院に通いつつも帰り道で 落ち合うなど、毎日仲良く探偵になるための 勉学に励んでいた。 そんなある日、街で逃げ去る怪盗を見かけた ２人。追いかけた先で彼女たちが見たものは……？