新歴2020年。人類の多くは、思考や意識を外界に作用させる力、『脳力』を生まれながらに備えていた。その生活は一見便利で、平和にも見える。しかし実際は、成層圏より降下する異形の生命体・怪異の存在が彼らの命を脅かしていた。怪異を討伐すべく、ニューヒムカ政府によって結成されたのは怪伐軍。ひと際強い脳力の持ち主、『超脳力者』によって組織された軍隊だ。超脳力は、発火、超高速、透明化など、個人により様々な発現の形をとる。念力の超脳力を持つユイト・スメラギは、幼い頃、怪異の襲撃から怪伐軍によって救われた。以来、志願兵として厳しい訓練に耐え、ついに入隊の日を迎える。一方、スカウトで怪伐軍に入隊したカサネ・ランドールは以前より不可思議な夢を頻繁に見ていた。「赤い糸から手を離さないで」――カサネが夢で告げられる言葉の意味とは？ 怪異の正体、そして隠された世界の秘密とは……。ユイトとカサネは、抗えない運命に巻き込まれていく。

アラビア半島を進軍し、貿易都市メッカを目指すアブラハの軍隊は、平和を望むメッカの民に「カアバ神殿と聖なる石を破壊し、信仰を捨て奴隷になること」を要求。メッカの民は怒りに震え、戦うことを決意する。 志願兵の青年アウスは、罪に手を染めなければ生きられなかった暗い過去があった。だが、陶工のジュバイルと出会い、彼の養子となって悪の道から足を洗った。成長したアウスは罪の贖罪と幸せな生活を守るために剣を取る。 襲いかかる強大なアブラハの軍隊。アウスの、そしてメッカの民の運命は――。