幕末の動乱期に“人斬り抜刀斎”と恐れられた維新志士・緋村剣心は、逆刃刀を手に不殺を誓い、流浪人として新しい時代を生きていた。 明治十一年五月十四日、“維新三傑”大久保利通が暗殺される。 時代を再び動かす事件の背後には、明治政府転覆を企てる志々雄真実の暗躍があった。 剣心は“人斬り抜刀斎”の後継者でもあった志々雄を止めるため、神谷薫に別れを告げ京都へ旅立つ。 薫たちとの別れ、そして新たな出会い さらには、志々雄一派との戦い 己の因縁と不殺の誓いとの間で揺れる剣心 幾多の想いが集う明治剣客浪漫譚、第二章開幕――！

原作でも人気の高い、主人公・緋村剣心と志々雄真実との死闘を描いたエピソード「京都編」を大胆にリメイク。 御庭番衆・巻町操の視点で描く、15年を経た現在ならではの“新たな”「京都編」をお届け致します。

国盗りをもくろむ志々雄真実が動き始めた!!　剣心たちは志々雄一派を阻止するべく京都へ向かう。 一方、最強の剣客たち・十本刀が志々雄の元に集結！　激動の京都を舞台に今、決闘の幕が開く!!