偵都ヨコハマに世の中を揺るがす『怪盗帝 国』とそれを正す少女探偵団『ミルキィホー ムズ』が現れてから２年。 ヨコハマの街にはつかの間の平穏が訪れていた。 その街に住むカズミとアリスは幼馴染同士の １３歳。違う探偵学院に通いつつも帰り道で 落ち合うなど、毎日仲良く探偵になるための 勉学に励んでいた。 そんなある日、街で逃げ去る怪盗を見かけた ２人。追いかけた先で彼女たちが見たものは……？

遥か古の時より、この世は二つのタロット カードに支配されてきた 罪なき人間の魂を食らい、 それを糧として数々の不幸を引き起こす悪魔 のタロット 「ディアボロス・タロット」 そして、それに対抗するのは自然の力を根源 とする 「エレメンタル・タロット」 22の血族から選ばれた少女たちは エレメンタル・タロットの使い手となり、人 知れず闘いに身を投じる 世界のバランスを維持するために 耐えがたき罪悪感を抱えながら 処刑人か、救世主か――― これは、 逃れられない運命を背負った少女たちが繰り 返す、 永い永い闘いの物語です―――

物語の舞台は、ユニコーンやペガサスなどの ポニーたちが暮らす世界・エクエストリア。 主人公のトワイライトスパークルは王都キャ ンタロット出身のユニコーンで、博学で真面 目な優等生。そんな彼女は、女王・プリンセ スセレスティア様から『勉強ばかりしていな いで、友情について学びなさい』という命を 受け、ベビードラゴンのスパイクをお供に、 田舎の町ポニービルにやって来ます。そこで 出会うのは個性豊かなポニーたち。ハイテン ションで周りを笑わせるのが大好きなピン キーパイ、自信たっぷりな音速のペガサス・ レインボーダッシュ。アップルジャックは家 族でりんご園を運営する働き者、ラリティは 美人でおしゃれ大好きなデザイナー。恐がり で恥ずかしがりのフラッターシャイは小さな 動物のお世話をするのが得意。友達関係を築 くのが苦手なトワイライトは新しい出会いに 戸惑いつつも、友達と一緒に、友情の魔法を 学んでいくことになったのです。

物語の舞台は、ユニコーンやペガサスなどの ポニーたちが暮らす世界・エクエストリア。 主人公のトワイライトスパークルは王都キャ ンタロット出身のユニコーンで、博学で真面 目な優等生。そんな彼女は、女王・プリンセ スセレスティア様から『勉強ばかりしていな いで、友情について学びなさい』という命を 受け、ベビードラゴンのスパイクをお供に、 田舎の町ポニービルにやって来ます。そこで 出会うのは個性豊かなポニーたち。ハイテン ションで周りを笑わせるのが大好きなピン キーパイ、自信たっぷりな音速のペガサス・ レインボーダッシュ。アップルジャックは家 族でりんご園を運営する働き者、ラリティは 美人でおしゃれ大好きなデザイナー。恐がり で恥ずかしがりのフラッターシャイは小さな 動物のお世話をするのが得意。友達関係を築 くのが苦手なトワイライトは新しい出会いに 戸惑いつつも、友達と一緒に、友情の魔法を 学んでいくことになったのです。

2012年8月に放送された、TVアニメ夏特番 「探偵オペラ ミルキィホームズAlternative ONE」。5枚の 絵を巡る連続盗難事件を描いたこのストー リーの終盤に、ひとりだけ正体を明らかにさ れなかった男 がいた。その男の名は、エドガー・モラン大 佐。5枚の絵に隠された謎、新たに起こる盗 難事件。そし て、エドガー・モランとは何者なのか。「探 偵オペラ ミルキィホームズAlternative」完 結編「Alter native TWO～小林オペラと虚空の大鴉」、冬 特番放送&ブルーレイ発売決定!

まとまった休みを利用して、恩師の小林オペ ラを訪ねるため、ロンドンの地に降り立った シャロ、ネロ、エリー、コーデリアのミル キィホームズたち。ロンドンに着いた早々、 ひったくりの現場に遭遇した4人は、被害に あった女の子を持ち前のトイズを駆使して助 け出す。彼女の名前はリリー・アドラー。ミ ルキィホームズのトイズの力を目の当たりに したリリーは、シャロたちの薦めに従い、小 林オペラに対して、盗まれた自宅の絵画を取 り戻して欲しいと依頼する。彼女のひいお祖 父さんジョン・アドラーが描いたもので、市 場価値はないが、家族にとってとても大切な ものだという。依頼を受け、早速動き出す小 林とミルキィホームズ。すると、他にもジョ ンの描いた絵画がロンドン市内で2点も盗ま れていることが判明する。無名画家の絵画 が、なぜ3点も盗難に。単なる絵画盗難事件 ではないという危惧を感じた小林は、ミル キィホームズたちと他の被害者宅を訪れる が･･･。

11歳の元気爆裂小学生・桜庭ちとせは、学校の隣の役場に勤めるお兄ちゃん・柏原宏志に激ラブ♥周囲の迷惑かえりみず、猛アタックの毎日！愛たい時が恋時間、いつだってちとせは止められません!!　お友達の、クール＆ダーク少女・雛子ちゃん、純情パパっ子みさきちゃんに、恋のライバル(?)担任の麻子先生も巻き込んで、今日もドキワク小学生ライフはアンストッパブル！

せっかくトイズが戻ってきたのもつかの間、 またまたトイズを失ってしまったミルキィ ホームズの4人。好敵手の復活を強く望むア ルセーヌ（＝アンリエット）は、ミルキィ ホームズがトイズを取り戻すようにと、陰に なり日向になり４人をサポートするが、トイ ズが復活する気配は全くない。 それどころか、４人は貧乏生活にすっかり慣 れ、ダメダメ街道まっしぐら。遂にはトイズ だけでなく、学院生活に一番大事なものも すっかり忘れてしまい･･･。