原作でも人気の高い、主人公・緋村剣心と志々雄真実との死闘を描いたエピソード「京都編」を大胆にリメイク。 御庭番衆・巻町操の視点で描く、15年を経た現在ならではの“新たな”「京都編」をお届け致します。

不殺を誓う流浪人・緋村剣心は、明治11年、東京で神谷薫と出会う。 ニセ抜刀斎事件が縁で神谷道場に居候することになったが、御庭番衆や刃衛など幕末を生きた修羅たちが次々と剣心に襲いかかり…!?