どこにでもいるごく普通のデジモン大好き少年だったタカト。 そんなタカトが見つけた青いカードは、カードリーダーを本物のデジヴァイスに変える不思議な力を秘めていた。 画面に映るデジモンのタマゴ・デジタマをドキドキしながら見守るタカト。 しかし次の日の朝、タカトが見たものはすでに割れてしまった空っぽのデジタマだった。 それでもデジモンの誕生を信じ、生まれたはずのデジモンを自分から探しに行くタカト。 そしてタカトは、空から降りてきた光の下で夢見ていた本物のデジモンに出会う！ タカトの想像したとおりの姿で生まれてきたタカトだけのデジモン『ギルモン』に。 「僕が、僕が考えたんだよ、君は……」 ギルモンと出会えたことに素直な喜びを感じ、失敗したり落ち込んだりしながらも一生懸命ギルモンの世話を続けるタカト。 好奇心いっぱいの行動でときにはまわりを驚かせながらも、無邪気にタカトを慕うギルモン。 そんな２人の二人三脚の冒険は今やっと始まったばかり。はたしてこれから２人をどんな事件が待ちうけているのだろうか……！？

あの夏の日から３年。太一たち８人の“選ばれし子供たち”の活躍で平和を取り戻したデジタルワールドだったが、そこに‘デジモンカイザー’と名乗る少年が突然現われて混乱を巻き起こしていた。カイザーはデジモンの進化を抑制するダークタワーを各地に立て、デジモンたちを操ることができるイービルリングで支配地域を広げる。一方、お台場に引っ越してきたタケルは太一に良く似た雰囲気の少年・本宮大輔と出会う。そしてかつての仲間であるヒカリと再会した。だがそこへデジタルワールドからのＳＯＳが届き、３本の光がデジタルゲートを通って現実世界へとやって来る。その光は新しいデジヴァイスだった。それを手にした大輔、京、伊織は新たな“選ばれし子供たち”として選ばれたのだ。さらに新しい力を手に入れたタケルとヒカリを加えた５人は、デジタルワールドを征服しようとするカイザーから平和を取り戻すため戦うことを決意するのだった！