新歴2020年。人類の多くは、思考や意識を外界に作用させる力、『脳力』を生まれながらに備えていた。その生活は一見便利で、平和にも見える。しかし実際は、成層圏より降下する異形の生命体・怪異の存在が彼らの命を脅かしていた。怪異を討伐すべく、ニューヒムカ政府によって結成されたのは怪伐軍。ひと際強い脳力の持ち主、『超脳力者』によって組織された軍隊だ。超脳力は、発火、超高速、透明化など、個人により様々な発現の形をとる。念力の超脳力を持つユイト・スメラギは、幼い頃、怪異の襲撃から怪伐軍によって救われた。以来、志願兵として厳しい訓練に耐え、ついに入隊の日を迎える。一方、スカウトで怪伐軍に入隊したカサネ・ランドールは以前より不可思議な夢を頻繁に見ていた。「赤い糸から手を離さないで」――カサネが夢で告げられる言葉の意味とは？ 怪異の正体、そして隠された世界の秘密とは……。ユイトとカサネは、抗えない運命に巻き込まれていく。

交易と肥沃な大地に支えられた大国パルスは、異教徒の国・ルシタニアの侵攻によって、一夜にして、その永きに渡る平和をおびやかされた。パルスとルシタニアの戦いにおいて、初陣にして大敗を経験し、帰るべき土地を奪われて亡国の王子となった少年・アルスラーンは、「戦士の中の戦士（マルダーンフ・マルダーン）」の異名を持つ最強の騎士・ダリューンと、たったふたりで奪われた王都エクバターナを取り戻すための旅を始める。 そんな二人のもとに、ナルサス、エラム、ギーヴ、ファランギース、アルフリード、ジャスワント――苛酷な戦いを切り抜ける中、力強い仲間たちが次々と集う。また、アルスラーン自身も、さまざまな経験を積むことで、ただ守られるだけの頼りない存在から、周囲を守り導く存在へと、たくましく成長していくのだった。 しかし、王都は未だ遠い。シンドゥラの王位継承争いにまつわる戦いを無事乗り切り、パルスの土地へと凱旋したアルスラーンたちの前には、銀仮面の猛将・ヒルメスが立ちふさがる。そして、ヒルメスをなんとか退け、ふたたび王都を目指そうというときには、さらなる脅威がパルスの土地に迫っていた。 今、新しい歴史の幕が開く。風塵の乱舞する戦場で、少年は何を見るのか……！