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エルフェンリート二角奇人(ディクロニウス)は、人間の突然変異体・・・・・・頭から生えた角を持ち、第6感とも言える特殊な能力と手を持っていた。人類を淘汰する可能性をも秘めた彼らミュータントたちは、その危険な能力のため、国家施設に隔離、研究されていた。しかし、偶発的事故により、ディクロニウスの少女ルーシーは拘束を破り、警備員らを殺戮、研究所を逃げ出す。が、その途中で記憶喪失となってしまう。過去と記憶を無くしたルーシーは、鎌倉・由比が浜に流れ着くが、その浜辺でコウタとユカに出会い、「にゅう」と名付けられ、コウタの住む楓荘に居候することになる・・・・・・。
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極黒のブリュンヒルデ子供の頃に事故で死なせてしまった幼なじみ の女の子のことが忘れられない高校生・村上 良太は、 彼女との約束「宇宙人が存在することの証 明」を果たすべく、天文部に在籍し毎日夜空 を見上げ探し続けていた。 ある日、良太の前にその幼なじみと瓜二つ の転校生・黒羽寧子が現れる。 しかし、彼女は自分を「魔法使い」だと語っ た…。 「魔法使い」は研究所で手術や薬により肉体 を改造され、様々な特殊能力を持つが、 鎮死剤を毎日1錠飲まなければ死んでしまう という。 「研究所」から逃げ出してきたという彼女を 回収するため、次々と追跡者が差し向けられる。 迫り来る高位の魔法使いと鎮死剤の枯渇、あ らゆる死の恐怖が迫る中で彼女と良太が選ん だことは・・・。