時は明治64年。 舞台は94歳の徳川慶喜が絶対権力を維持し続けている日本。 街は明治時代の文化の色を残しつつも、 科学技術と陰陽道の発展が進み近未来的な雰囲気を醸し出していた。 しかし、きらびやかな街の裏には、慶喜暗殺すなわち体制の崩壊を目論んでいる輩 〜反体制派組織・クチナワ〜が影を潜めていた。 その駆除を任されたのは、政府の闇の処刑人組織『鵺（ぬえ）』。 鵺に所属する雪村咲羽（ゆきむらさわ）は幼い頃、クチナワの首領に家族を殺害され、 家族の仇を討つことを目的に生きていた。