幕末の動乱期、“人斬り抜刀斎”と恐れられた志士がいた。 その男は、新しい時代の到来と共に人々の前から姿を消し去り、「最強」という名の伝説と化していった。 時は流れ――明治十一年、東京下町。 逆刃刀を腰に下げ、不殺を誓う旅の剣客・緋村剣心は、神谷活心流の師範代・神谷薫と出会う。 剣心は、活心流を騙る辻斬り「人斬り抜刀斎」の事件を解決したことをきっかけに、薫のもとに居候することとなる。 東京府士族出身の明神弥彦、喧嘩屋を称する相楽左之助といった仲間たちとの出会い 過去の因縁によって戦うこととなる宿敵たちとの対峙。 新しい時代を懸命に生きる人々による明治剣客浪漫譚、ここに開幕――！

忍法殺戮合戦、再び。 慶長の世に起きたる三代将軍世継ぎ争いは、 甲賀、伊賀の忍法殺戮合戦へと飛び火、それは凄惨を極めた。 散り行く花弁たちの中にあり、愛に生きようとした男と女もまた、 儚くも美しく散った――が、しかし。 伝え聞くところ、服部半蔵が継子・響八郎の手によって、つかの間か、永劫か―― 二枚の花弁は生を与えられ、忘れ形見をまた２つ、残したという。 甲賀八郎、伊賀響。 それぞれに父、母に良く似た眼を持って生まれた宿命の子供たち。 時は寛永、太平の世。 忍びはもはや無用の長物、行く末は陰り行くのみ。 “血”と“力”によってなんとかその礎を磐石なものにせんと、 甲賀、伊賀の者達は八郎、響にあることを望んだ。 “契り” ――実の兄妹にして、二人は契りを結ぶ宿命を背負わされていた。 宿命に翻弄され、迷い生きる八郎と、 己の深き真情に従い、愛に生きる響。 二人が織り成す生の先には、未知なる現象“桜花”が生まれ、 其処に乱世の影がにじり寄る…

私立亜鐘学園高校。 そこは前世の記憶に目覚めた若者たち――「救世主（セイヴァー）」が集う学び舎。 ある者は、前世の記憶をもとに自らの身体から《通力（プラーナ）》を汲み出し 武器と体術の戦技をもって敵を砕く「白鉄（しろがね）」となり、 またある者は、物理を越える異能《魔力（マーナ）》を自在に操り、 この世にあらざる魔術の業で敵を滅ぼす「黒魔（くろま）」となる。 そんな亜鐘学園に、一人の少年が入学した。 彼の名は「灰村諸葉」。 史上初めて、白鉄と黒魔二つの前世《剣聖×禁術保持者》の力に目覚めた彼は、 それぞれの前世で永遠の絆で結ばれた最愛の少女2人とも同時に再会を果たし、 誰よりも特別な運命を歩み始める――。