気が弱く、いつもいじめられてばかりの"白金 ハル" 最強の男を目指し、海の向こうからやってきた"タイガ" ふたりの少年はとある夕暮れ、最強のXBプレーヤーであり、ミナトトライブのリーダーである"神谷 瞬"と出会う。 それと時を同じくして、ネオトーキョーに散らばる各トライブは、大きな脅威にさらされようとしていた。 ネオトーキョー国王"鳳 天心"の命令によって、謎の男"鳳 王次郎"率いるチヨダトライブが、国中のトライブの制圧をはじめたのだ。 その魔の手は、ミナトトライブにも及ぼうとしており…。 「自分を変えたい」 「とにかく最強の男を目指す」 「ただ、XBを楽しみたい」 己の譲れぬ信念を貫くため、 ハル、タイガ、神谷はXBの打席に立つーー！

ここは、博多のようで、博多でない街のとある商店街。今日も美味しそうな出来事が巻き起こる!? 食べ物の妖精たちとのどたばた日常劇！

二十二世紀。かつて日本という国が存在した列島は、「第十七極東帝都管理区」と呼ばれていた。 少しばかりの窮屈さと引き替えに、安楽な生活を保障された世界。明日が今日と同じであると誰もが信じる社会。 しかし、その社会は人知れず大きな危機を迎えていた。 「デグレイション」――生きた人間が砂のように崩れ消える奇病は、少しずつ、しかし着実に世界を侵食してゆく……。 平凡な学生「風澄徹」は、もう一つの世界「フロンティアＳ（ストラトス）」との争いに巻き込まれる。 それは、もう一人の自分との対決を意味していた。 衝突する二つの未来。交錯する少年たち。 二つの世界に救いはあるか？

第一章 「君は、1日が24時間ではないと言ったら、信じるかい？」 1日と1日の狭間にある隠された時間「影時間」。 街は動きを止め、人々はオブジェへと姿を変える。 そこにはびこる異形の怪物「シャドウ」。 それらに対抗できるのは、ペルソナという特殊な力を持つ者だけ。 私立月光館学園に転校してきた主人公・結城 理は ペルソナの力に覚醒し、同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられる。 彼らはそれぞれ目的のため、影時間の真相を追ううち、 想像を絶する運命と対峙する―――。 ©ATLUS ©SEGA／劇場版「ペルソナ３」製作委員会 第二章 「こんな日が、これからもずっと続けばいいのに――」 私立月光館学園に転入した主人公・結城 理は、 異形の怪物「シャドウ」の襲撃をきっかけに、「ペルソナ」の力に覚醒し、 同じペルソナ使いたちで構成された特別課外活動部へと引き入れられる。 最初は流されるままに行動していた理だったが、 「影時間」の謎を追い、「シャドウ」との死闘を重ねていくうちに、 その心は大きな変化を見せ、仲間との強い絆を得る事となった。 そして季節は春から夏へ。「シャドウ」との戦いは終わっていなかったが、 特別課外活動部は新メンバーを迎え、非日常的な毎日に充実感さえ覚えるようになっていた。 運命の歯車がまわり、また新たな試練が訪れることになるとは、 誰も知らないまま――。 ©ATLUS ©SEGA／劇場版「ペルソナ３」製作委員会 第三章 「なんとなくわかったよ―君は失うことを恐れているんだね？」 季節は秋へ。異形の怪物「シャドウ」と、主人公・結城 理をはじめとした 特別課外活動部の戦いにも終わりが近づこうとしていた。 「影時間」を終わらせるために「シャドウ」との死闘を重ねていく理たち。 戦いを通し、あるものは仲間や家族の死と向き合い、 あるものは守るべき大事なものに気付き、 また、あるものは自分たちのこれまでの戦いの意味に葛藤する。 そして、理のまえには謎の転入生・望月綾時が現れる―。 新たな朝を迎えた時、再び運命の歯車はまわりはじめる。 それぞれの繋がりを巡る戦いが始まる―。 ©ATLUS ©SEGA／劇場版「ペルソナ３」製作委員会 第四章 「滅びの時は、確実に迫っている。止める事は出来ない」 死を知り、死を見つめ、死と向き合う。 さまざまな出会いと別れを繰り返し、その度に、成長を遂げてきた結城 理と仲間たち。 その戦いは、世界のためではなく、自分自身のためだったのかもしれない。 それでも、戦いの先に平穏な日々があると信じて彼らは戦い続けてきた。 しかし、滅びは人類が背負うべき運命だと少年は言う。 友人だと信じていた少年が、無情にも現実を突きつける。 季節は冬へ。その先にある春を迎えるため、 理が下す決断とは――。 ©ATLUS ©SEGA／劇場版「ペルソナ３」製作委員会

春。都会から離れ穏やかな時間の流れる田舎町。 桜の舞い散るなか八十稲羽駅に降り立つひとりの少年・鳴上 悠。 家庭の事情から叔父のいるこの町へやってきた悠は、地元の八十神高校へと転入することとなる。 そしてはじまる学園生活―。 放課後のショッピングモール。街で起こる連続殺人事件。深夜に流れるマヨナカテレビ…。 悠と仲間たちに“今度は”一体どんな日々が待ち受けているのだろうか？