新たな劇場版シリーズの第4部であり、完結編。ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

アスカのEVA改2号機とマリのEVA8号機は、静止衛星軌道上で“US作戦”を実行していた。円盤状のEVA Mark.04と激戦の末、初号機とシンジを奪いとるミッションだ。ようやく目ざめたシンジの前には、思いがけない知人らの姿があった。そこは14年の歳月がたっており、ミサトやリツコら元ネルフの職員は、新たなクルーを加えて反ネルフ組織“ヴィレ”を結成していた。戦艦AAAヴンダーを起動し、襲撃してきたEVA Mark.04の群れを退けた“ヴィレ”。初号機から復活できたのはシンジひとりで、綾波レイは発見されなかった。だがEVA Mark.09がシンジ奪還のため急襲をしかけ、レイの声を聞いたシンジはヴンダーから去って、ネルフ本部へと向かった。 　ゲンドウからEVA13号機に乗れと指示されるシンジ。謎めいた少年・渚カヲルに導かれ、変わり果てた大地の姿を見たシンジは、何が起きたのかを聞かされる。レイを救済したことをきっかけに“ニア・サードインパクト”が起き、地球に甚大な被害を与えていたのだった。重大な責任を感じて傷ついたシンジの心は、はたして救われるのだろうか。

「エヴァンゲリオン」シリーズは1995年のTVシリーズ「新世紀エヴァンゲリオン」から始まり、映画、コミック、ゲームなど様々なメディアに展開、社会現象を巻き起こしたアニメーションシリーズ。2007年からは全4部による長編アニメーション映画『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズ及び『シン・エヴァンゲリオン劇場版』の公開を開始。『ヱヴァンゲリヲン新劇場版：破』は、その第2部となる。

宝島でのブブキ使いたちとの戦いを潜り抜け、島の落下による未曽有の大被害をブランキ”王舞”で防いだ東たち。 戦いを繰り広げながらも共に島の落下を防いだ万流礼央子、そして四天王の生死は？海外ブブキ使いたちと、裏で暗躍する東の双子の妹・薫子の目的は？そして汀の行方は…？

新宿の雑踏を駆け抜ける少年、一希東（かずき あずま）。 10年ぶりに日本に戻ってきた東は、武装した男たちに追われて逃げるはめになってしまう。 男たちは、意思を持つ武器である「ブブキ」を捕獲することを目的とする「ブブキ警察」の警察官だった。 捕らえられ尋問を受ける東だったが、突然目の前の床が溶け落ちると、右手の形をした謎の物体が姿を現す。 「右手ちゃん」と呼ばれるそのブブキは、不思議な力を発揮してブブキ警察官たちをなぎ倒すと、主人である少女、朝吹黄金（あさぶき こがね）と共に東を助け出すのだった。 東はさらに、「ブブキ使い」の少年少女、野々柊（のの ひいらぎ）、扇木乃亜（おうぎ きのあ）、種臣静流（たねおみ しずる）と会う。 自分も「心臓」のブブキ使いだと知った東は、柊たちと共に新宿の地下に眠る巨人、ブランキ“王舞”を復活させるために動き出す。 東たちの持つ5つのブブキが40メートルの巨人、ブランキ“王舞”として再生し地上に姿を現すと、真紅の巨人、ブランキ“炎帝”が彼らの前に立ちはだかるのだった。