幼いころ、キャンプ場で出会った男の子と“小惑星を見つける”という約束をした木ノ幡みら。 高校では天文部へ入部しようとしたが、今年から「天文部」と「地質研究会」が合併して「地学部」になっていた……！？ 地学系女子（ジオジョ）たちと一緒に、いろんなキラキラを探しに行きませんか？

絶強の霊力を持ち、自らの命を削りながら天脈地流バランスを保つ祭司を陽冥司 (ようめいし)という。 陽冥司を務める端木煕 (たんもく·き)は、世間の万霊を沈めることを責務にしている。しかし陽冥司の命と霊力を狙い続けている悪霊だけではなく、その地位や権力を欲しがる人間たちからも常に狙われるという宿命を背負っていた。彼らの攻撃は一刻も止むことがなく、端木煕は常に戦い続ければならない境遇である。 そんな状況の中で、唯一、端木煕が自分自身として向き合うことが出来た存在―それが楊敬華 (ようけいか)、陽冥司である端木煕と運命をともにする守護霊―「影霊 (えいれい)」であった。 第１期アニメでは語りきれなかった端木煕の過去。そして新ストーリーが幕を上げる。彼の記憶に眠っていた“章軒 (しょうけん)”という 人物は一体何者なのか……。

陸水銀は平凡の高一少年、学園一のお嬢様・陸怜の事が大好き。 しかし突如、不思議なことに陸怜は「グレイブバスター」というゲームの世界へ誘拐され、それを追って水銀も、美少女ガイド・ツインスターにいざなわれ、その世界へ飛び込む。 そして百億円が課金された端末を受け取ることになる。 水銀は陸怜を守るために、ゲームの世界にて最後の「墓守り」となり、「墓荒らし」との攻防戦に参加する。 その戦いの中に、彼らの秘密も段々明らかになるー。

対話不能の外宇宙生命体・奇居子（ガウナ）により太陽系が破壊されてから1000年後の世界。 人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で育てられた少年・谷風長道（たにかぜながて）は、 祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人（もりと）の操縦士訓練生となる。仮象訓練で培った類まれなる能力により、 シドニアを襲う数々の危機を救ったことで訓練生から正規操縦士になった長道だったが、奇居子との激戦の中で戦友・星白閑（ほしじろしずか）を失ってしまう。 そして星白の衛人機体を模した最強の敵・紅天蛾（べにすずめ）をはじめとする奇居子の猛攻に苦戦を強いられつつも小惑星激突の危機を乗り切ったシドニアは、 奇居子の巣を駆逐するために、レム恒星系へと進路をとるのだが…。

あるとき、宇宙のかなたで『小惑星クマリア』が爆発。こなごなになったクマリアが流星群になって地球に降り注ぐと、 何故か地球上の『クマ（熊）』が一斉に決起し、人類に襲いかかった！『ヒトVS クマ』クマはヒトを食べ、 ヒトはクマを撃ち、果てのない戦いと憎しみの連鎖。 やがて、ヒトとクマの間には巨大な『断絶の壁』が築かれ、互いに不可侵な状態となった…。 ヒトの世界。ある朝、嵐が丘学園の生徒、椿輝紅羽（つばき くれは）と 泉乃純花（いずみの すみか）は二人きりで花壇に咲いた「百合の花」を見ていた。 二人は『友だち』であり【 恋人 】。花壇は二人にとって大切な場所なのだ。見つめ合う二人。 そのとき【クマ警報】がけたたましく鳴る！クマがヒトの世界に侵入し、ヒトが襲われたのだ！ そのクマは果たして…？謎が謎を呼ぶ怒涛の連続！『ユリ熊嵐』が華麗に開幕！

対話不能の異生物・奇居子（ガウナ）破壊された太陽系。 かろうじて生き残った人類の一部は、 小惑星を船体とした巨大なる宇宙船シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。 それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。 最下層部でひっそりと育てられた少年・谷風長道（たにかぜ　ながて）が、祖父の死を期に街へ出る。 長道は人型巨大装甲・衛人（モリト）の操縦士訓練学校に入学することになり、 そこで初めて祖父以外の人間と触れあっていく。 長道が初めて異性を意識する少女――星白閑 長道の初めての友人となった男でも女でもない人間――科戸瀬イザナ 長道の活躍に苛立ちを覚える少年――岐神海苔夫 様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。 それは決して困難な任務ではないはずだった。しかし長道たちの前に突如、奇居子が出現。 100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか？ 人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。