季節は過ぎ、もうすぐ二度目の春――。 劣等生の兄と、優等生の妹。 ふたりの魔法科高校での生活は、その一学年目を終えようとしていた。 達也、そして深雪たちは春休みを利用して、 小笠原諸島のとある別荘へと休暇に訪れていた。 束の間の休息に羽根を伸ばす達也たち。 しかし、そんな達也たちの前にひとりの少女”九亜”が現れる。 海軍基地から脱走してきたその少女は達也にひとつの願いを告げる――。

魔王を倒す勇者を募るというお触れを見た勇者マニアの父と母によって、半ば強制的に旅に出されたジミナ村の少年ニケ。 村のしきたりに従って、村外れに住む魔法オババの元を訪ねたニケは、そこで不思議な魔法グルグルを使う少女ククリを託される。 オババの話によれば、彼女はミグミグ族というグルグルを使うことのできる一族の最後の末裔で、いずれ現れる勇者を待ち続けていたのだという。

進学率・就職率１００％と言われる進学校・東京都高度育成高等学校に入学した綾小路清隆。 しかし彼が所属する１年Ｄクラスは、進学校とは思えないような問題児ばかりだった。 さらに学校は、生徒に現金と同価値のポイントを月１０万円分も与え、授業に関しては私語・居眠り・サボタージュをも黙認する放任主義。 自堕落な生活を送る生徒たちだったが、違和感を抱く者もいた——他人との交流を徹底的に避け、孤独を貫く美少女・堀北鈴音だ。 彼女は、生徒に大金が与えられているはずなのに、校内に『お金を持たない者への救済』が多く用意されていることに気づく。 やがて１ヶ月後、綾小路、堀北、Ｄクラスの面々は学校のシステムの真実を知る……。