かつて妖精は、“兵器”だった―。 この世界には、動物に憑依することで不思議な力を宿す妖精が存在していた。 妖精が憑依した動物の臓器を摘出し、人間に移植することで、妖精を分身として出現させ、兵器として扱えるようになる。 妖精を戦争の道具として自在に操る兵士たち、彼らは『妖精兵』と呼ばれた。 だが、長きにわたる戦争が終結すると、彼らはその役目を果たし、行き場を失ってしまう。あるものは政府に、あるものはマフィアに、あるものはテロリストに、 それぞれの生きる道を選択していった。 戦争から9年の歳月が経つ。 未だ不安定な政治情勢の中、戦争によって受けた傷や過去を持つ犯罪者が現れ、 復讐のためテロを起こすようになっていた。 主人公の少女マーリヤは、ある事件に関わった事から妖精に関連する事件を捜査・鎮圧する違法妖精取締機関『ドロテア』に入隊することとなる。 これは、無秩序な戦後に抗い、それぞれの正義を求め戦う 『妖精兵』たちの物語―。

いま俺は、彼女たちの終わりに手を貸している 妖精兵器と呼ばれる少女たちと生き残った準勇者との儚くそして切ない物語。 地上を正体不明の怪物である〈獣〉たちに蹂躙され、人間を含む多くの種族が滅ぼされた後の世界。かろうじて生き残った種族は地上を離れ、浮遊大陸群（レグル・エレ）と呼ばれる空飛ぶ群島の上に暮らしていた。５００年後の空の上で目覚めたヴィレム・クメシュは、守りたかったものを守れず、それどころか自分一人だけが生き残ってしまった絶望から世捨て人のような生活を送っていたが、思いもよらず始めた兵器管理の仕事の中で、ある少女たちと出会う。