度重なる増築により迷路のように入り組んだ 私立誠教学園。 中等部一年の新谷貞一（にいや ていいち） はある日、旧校舎で迷い偶然たどりついた部 屋で、不思議な雰囲気を纏う少女・庚夕子 （かのえ ゆうこ）と出会う。 彼女は自分を“旧校舎の幽霊”だと言う。 自分の過去を思い出せない夕子の為、貞一と 夕子は「怪異調査部」を立ち上げ、この学園 で語り継がれる数々の怪異を解き明かしていく。