時は19世紀末。古くから続く完全階級制度により、上流階級の者たちに支配された大英帝国。モリアーティ伯爵家の3兄弟は、新たな領主としてダラムの街へ移り住むが、この地にも根深い差別意識が生み出す“悪”が蔓延っていた。ウィリアム・ジェームズ・モリアーティは、犯罪相談役（ルビ：クライムコンサルタント）として、腐敗に満ちた社会に変革をもたらしていく――。 ロンドンの探偵シャーロック・ホームズは、アイリーン・アドラーという女性の調査を依頼される。一方、シャーロックの兄マイクロフトは、アイリーンが手に入れた機密文書の奪還と彼女の抹殺をアルバートに命じる。国家を揺るがす文書と謎多き女アイリーンの存在が、犯罪を仕立てるウィリアムと、犯罪を暴くシャーロックの運命を近づけていく……！

機巧魔術(マキナート)が隆盛を極める大英帝 国の機巧都市リヴァプール。 極東の島国からやってきた留学生・赤羽雷真 は、美しい少女の姿をした自動人形(オート マトン)の夜々とともに、 魔術世界の最高学府ヴァルプルギス王立機巧 学院の門をくぐる。 目指すは機巧魔術を操る人形使いたちの頂点 であり、尊敬と畏怖の象徴である魔王(ワイ ズマン)の称号を得ること。 そのためには四年に一度の魔触の年に開催さ れる《夜会》に参加し、学院の成績上位者100 名が、 自動人形を使って戦うロイヤルランブルを勝 ち抜かなければならない。 夜会への参加資格を得るためには、学院の成 績上位者100名に入らなければならないが、 雷真は学院に到着して早々に行われた学力試 験で1236人中1235位という不名誉な成績を 取ってしまう。 しかし夜会は徹頭徹尾実力主義の世界。 参加資格を持つ者が持たない者に機巧戦闘で 敗れるようなことがあれば、夜会執行部も選 考をやり直す必要が出てくる。 そこで雷真は、夜会のトップランカーである 《十三人(ラウンズ)》のひとり、 《君臨せし暴虐(タイラントレックス)》として 学院内で恐れられているシャルロット・ブ リューに正面から決闘を申し込む。 格下からの挑戦に対して、身の程を知れとば かりに激昂するシャルロット。 魔力を注ぎ込まれたシャルロットの自動人形 シグムントは、みるみるとその姿を巨大なド ラゴンへ変え、雷真たちに牙を向くのだが……。