未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は 巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。 再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや 人型戦闘兵器・衛人のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。 なんとか勝利をおさめたのだった。 あれから10年－。 シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。 つむぎも、今やシドニアの英雄となった長道に想いを寄せながら、 穏やかな日々を過ごしている。 だが、艦長・小林は分っていた。 ガウナがいる限り、この平穏は長く続かないことを。 そして、人類の存亡をかけ、最終決戦を決断する。 愛する人を守るため、シドニア最後の戦いがついに始まった。

巨大学園都市群スライヴセントラル第７学区にある 『私立天翔学園』。 そこへ転入してきた 音之宮朔 は様々な悩みを 抱えながらも個性豊かな歌唱部や考古学部の 生徒たちと触れ合っていくことで大切な仲間たちとの時間に心地よさを感じていた。 そして、 不愛想な見た目だが面倒見のいい 神楽蒼介 と 突拍子もない発言や掴みどころのない性格の 往田詩 と出会うことで“音楽”の楽しさを知る。 泣いたり、笑ったり、時には喧嘩をしたり。 何気ない毎日のなかで 朔は自分の中に今までにない変化が生まれていることに気づく―――。 懸命に生きる「ACTORS」たちの青春ストーリー。

中学2年生の早瀬真理は、何事にも一生懸命で元気な女の子。 3年前に失踪した世界的科学者である父・永司からもらったペンダント・アーミラリーコンパスをいつも大切にしている。 ある時真理は、親友の水城和花の兄・旬の部屋で、かつて永司の研究室で見かけた本（『磁石と電気の発明発見物語』）を見つける。 真理は開いたその本からあふれたゆらぎに包まれて、タイムスリップしてしまうのだった。 アーミラリーコンパスが示すタイムスリップの先々で、真理は様々な科学者たちと出会い、 和花や旬と共に行方不明の永司の足跡を追ってゆく。そこへ、同じく永司の行方を追っていた実業家・御影丞の動きが影を落とす。 現代での永司失踪をめぐるドラマが縦軸に、過去で真理たちと科学者が繰り広げる発明・発見に関わるドラマが横軸に展開され、 それらが次第にシンクロして行く。

同じ高校に通う死神少年・六道りんねと、幽霊が見える少女・真宮桜。 ２人は、学校中から寄せられる霊の悩みを解決する毎日を送るが、とある事情でとても貧乏なりんねは、死神道具を買うのにも桜に借金する始末…。 お互い気になるのに進展しない２人だったが、新たな契約黒猫に、美少女だまし神、さらには、りんねとワケあり（？）な人物まで現れ、事態は混迷！ りんねと桜の霊界をも巻き込んだ奇想天外な放課後はまだまだ続く！！

対話不能の外宇宙生命体・奇居子（ガウナ）により太陽系が破壊されてから1000年後の世界。 人類の繁殖と生産を維持しながら宇宙を放浪する播種船・シドニアの最下層部で育てられた少年・谷風長道（たにかぜながて）は、 祖父の死を期に街へ出、人型巨大装甲・衛人（もりと）の操縦士訓練生となる。仮象訓練で培った類まれなる能力により、 シドニアを襲う数々の危機を救ったことで訓練生から正規操縦士になった長道だったが、奇居子との激戦の中で戦友・星白閑（ほしじろしずか）を失ってしまう。 そして星白の衛人機体を模した最強の敵・紅天蛾（べにすずめ）をはじめとする奇居子の猛攻に苦戦を強いられつつも小惑星激突の危機を乗り切ったシドニアは、 奇居子の巣を駆逐するために、レム恒星系へと進路をとるのだが…。

対話不能の異生物・奇居子（ガウナ）破壊された太陽系。 かろうじて生き残った人類の一部は、 小惑星を船体とした巨大なる宇宙船シドニアで繁殖しながら宇宙を旅する道を選んだ。 それから約1000年の時を経たシドニア出航紀元1009年。 最下層部でひっそりと育てられた少年・谷風長道（たにかぜ　ながて）が、祖父の死を期に街へ出る。 長道は人型巨大装甲・衛人（モリト）の操縦士訓練学校に入学することになり、 そこで初めて祖父以外の人間と触れあっていく。 長道が初めて異性を意識する少女――星白閑 長道の初めての友人となった男でも女でもない人間――科戸瀬イザナ 長道の活躍に苛立ちを覚える少年――岐神海苔夫 様々な訓練生たちと学校生活を送る中、ついに長道たちに初任務が下される。 それは決して困難な任務ではないはずだった。しかし長道たちの前に突如、奇居子が出現。 100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか？ 人類の存亡をかけた戦いが今、始まる――。

桜舞う四月。 俺－支倉孝平－は、記念すべき10回目の転校を果たした。 新しい学舎は修智館学院。 かなりの進学校だとか、キリスト教精神に基づく伝統校だとかは 割とどうでもよくて いちばん大切なのは《全寮制》だってこと。 これなら、転勤族の親父に連れ回されることもない。 俺はようやく自由を手に入れたのだ。 寮の一室で目覚め、友人と登校。 充実した授業を受け、帰寮。 夜は思い思いの時間を過ごし、就寝。 そんな、落ち着いた毎日が待っているはずだったのだが…… 気力体力ともに溢れる副会長、 はかなげで清楚な後輩、 ミステリアスなクラスメート、 常識から大きく外れた寮長、 気苦労の絶えない幼なじみ、 知り合ったのは個性的すぎる人ばかり。 賑やかにならないはずがない。 転校ばかりの過去に置き忘れたものも 得ることができなかったものも ここでなら、取り戻せる気がする。 今はまだ、おぼろげな形しか見えないけれど。

二六〇年あまり続いた江戸時代が終焉を迎え、明治という新たな時代が幕を開け始める。 しかし、そこには士道を貫かんと、身命を賭して戦い続ける男たちがいた。 薩長土を中心とした新政府軍と、徳川家臣を中心とした旧幕府軍との熾烈な争い―― 戊辰戦争に身を投じていく新選組。 自らの宿命に手繰り寄せられるように、彼らは苛烈な道へ歩を進めていく。 慶応四年一月。鳥羽伏見の戦いに敗れ、江戸へ戻った新選組。新政府軍との再戦を望む彼らに待っていたのは、甲府城で敵を迎え撃つこと。 己の信じた士道に従い戦いをあきらめない土方らに、千鶴も決意をもって接することとなる。 また、新たな勢力の拡大によって、羅刹と鬼の関係にも変化が生じていくのだった。