物語の幕開けは、アメストリスの首都・セントラルにある中央刑務所。刑期終了を間近に控えたひとりの囚人が、この刑務所から脱獄を果たした。その男――メルビン・ボイジャーが操る強力な錬金術に興味を惹かれたエドワードと弟のアルフォンスは、男の跡を追ってアメストリスの西、大国・クレタとの国境を目指すことになる。 彼らがたどり着いた先は、巨大な崖に周りを囲まれた街・テーブルシティ。かつて「ミロス」と呼ばれていたこの地で、ふたりはジュリアという一人の少女に出会う。少女の言葉に導かれ、エドたちはこの地に隠された、血塗られた歴史を知ることになるのだった……。

火・水・風・地・空…五つの部族が支える高華王国の王都に建つ緋龍城。 そこでは、王族の一人娘・ヨナが 心優しい父王・イルや護衛のハク達に囲まれ、大切に育てられていた。 そんな中で迎えたヨナ、16歳の誕生日。 ヨナは宴の中、想いを寄せていた従兄のスウォンから簪を贈られる。 「私の髪、くせっ毛で赤毛でちっともまとまらないの。似合わないわ」 「私は好きですよ、ヨナの髪。キレイな紅…暁の空の色です」 ヨナの想いを知りつつもスウォンとの婚姻を反対するイルに、 ヨナは改めて自分の気持ちを伝えに行く。 しかし、そこでヨナを待ち受けていたのは、思いも寄らぬ過酷な現実…！ 赤髪の姫・ヨナが紡ぐ、壮大な天命の物語。

時は1582年、所は本能寺。明智光秀の謀反の さなか、織田信長は炎に取りまかれながら、 遮光器土偶にも似た謎の生命体に遭遇する。 時は流れ、現代。修学旅行で台湾に来ていた 女子高生、小椋しお。ミリタリー好きで人付 合いの苦手な彼女はクラスでもちょっと浮い た存在。 その彼女が、突如現われた謎の巨大怪獣〝進 化侵略体〟の襲来に遭遇する。逃げまどう人 びとの中で、しおはE遺伝子（ジーン）ホル ダー〝切り裂きジャック〟が戦う姿を目撃する。 最新鋭の戦闘機や戦車ですら歯が立たない進 化侵略体を追いつめていく切り裂きジャッ ク。しかし、ジャックは隙をつかれて大ピンチ！ もはや為す術がないと思われた時、しおの中 の眠れる織田信長のE遺伝子が目覚めた。

青錆(せいしょう)学園に赴任してきた、新米教師はいきなり病院送りに…。 それもそのはず、彼の生徒達は突撃小銃(アサルトライフル)だったのです!? 個性豊かなてっぽう少女が大暴れする、学園美少女“てっぽう”コメディ♪

鴨川上空での戦いから数ヶ月後。地球から遠く離れたポリヘドロン宙域・レ・ガリテでは、ディセ ルマイン の監視の下、ランがウォクス・リンファを使用した実験に参加していた。その最中、デ・メトリオ 軍の奇襲 を受ける実験施設。その部隊の中にはウォクス・イグニスの姿があった。 そして地球日本――レ・ガリテやデ・メトリオなどポリヘドロンの各国家をまじえた宇宙規模の国 際会議が 行われることに沸き立つ千葉鴨川では、高校三年に進級したまどかが、自分の進路を決めかねたま ま、ラン とムギナミと離れて暮らす日々に寂しさを感じていた。 その頃、国際会議のために鴨川に近づくファロスにウォクス・イグニスが接近中との報が入る。ま どかは「 ムギナミが帰ってきた！」と喜ぶが……

その日、僕は死刑を宣告された―――東京の異変から10年後―――疎開先の中学校に通う五十嵐丸太（ガンタ）は、クラスメイト達と平凡 な毎日を送っていた。だがある日、学校に「赤い男」が現れ、ガンタの運命は一変。無実の罪で"死刑"を宣告されたガンタは、日本唯一の 完全民営化刑務所「デッドマン・ワンダーランド」に収監されてしまう。