ある日、ひとつの都市が消滅した―― 一匹狼の運び屋の男タクヤと、 消滅から唯一生還したと言われる少女ユキ。 ふたりは、消息を絶ったと思われていた ユキの父親からのメッセージを頼りに 消滅都市へと向かうことになる。 しかし、そんなふたりの前に思わぬ障害が立ちはだかる。 それはユキにとって、あまりに衝撃的な現実で―― 残された人の想い、暗躍する謎の組織、そして隠された陰謀。 タクヤとユキ、全くの他人だったふたりは、 旅の中で絆を深めつつ、消滅都市の謎へと迫ってゆく。