新たなる波乱の予感を前に しばし幕間の物語―― “聖殲”を巡るヴァトラーとの戦いに勝利を収めた古城と雪菜。 絃神島を自らの“夜の帝国”としたことで実質的な島の支配者となった古城だが、 以前とさほど変わらぬ日常を過ごしていた。 そんな折、絃神島の周辺海域で起きている原因不明の海難事故について、 獅子王機関と太史局が合同調査を行うことに。 一方、自分を呼ぶ声で目を覚ました古城。 記憶もおぼろげな彼の視界に飛び込んできた光景は、自分がくるまって寝ていたらしい一枚の毛布と 頬を赤らめ、涙ながらに訴えかけてくる雪菜の顔。 「先輩…私、大切なものを失くしてしまいました…」

21世紀初頭の東京。母子で暮らす高校生・神 名綾人は、模試会場に向かう途中に突如上空 に現れた謎の航空部隊の攻撃に遭遇した。破 壊された街で、綾人は自分の描いた絵に酷似 した風景の中で、不思議な少女・美嶋玲香に 出逢う。玲香に導かれるようにして地下鉄に 乗り、神殿にたどりついた綾人は、卵から巨 大な人型の存在「ラーゼフォン」が出現する 瞬間にめぐりあわせた。「真実を見せる」そ の言葉に従って、謎の女性・紫東遙と ＶＴＯＬで東京を脱出しようと試みた綾人 は、玲香に導かれてラーゼフォンに同調、体 内へと入っていく。ついに目覚めのときがき た。超兵器ドーレムを粉砕したラーゼフォン は、そのまま東京から飛び去っていった。外 から故郷を見た綾人は、そこに巨大な木星の ような「TOKYO JUPITER」を目撃する。謎の 存在ＭＵに占拠された首都は、不思議な膜に 閉鎖され、住民は偽りの生活をさせられてい た。しかも外部には、12年も先の時間が流れ ていたのだった…。 東京を支配する「青い血」の人間とは何者 か？綾人とラーゼフォンには、どんな関係が あるのか？そして真実の世界で、綾人を待ち 受ける運命は何か？