ベルリたちを乗せたメガファウナが、ジット団を追ってビーナス・グロゥブを出発。だが、すでに地球圏の戦況は一変していた。大気圏外で睨み合っていたキャピタル・アーミィとアメリア軍、ドレット艦隊は、禁忌の存在であるカシーバ・ミコシの近傍でさらに激しく衝突を繰り返す……。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたメガファウナは金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。しかし、ベルリたちを出迎えたのは“地球への帰還＝レコンギスタ作戦”を目論むジット団だった……。

突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

ベルリたち救出のため出撃したデレンセンが海賊部隊のメガファウナを急襲。地球周回軌道上での宇宙戦闘を強いられたベルリは、恩師との対決とは気づかずにＧ-セルフで迎撃してしまう。一方、キャピタル・アーミィはＧ-セルフとラライヤ・マンディの身柄も要求し、エルフ・ブルックのマスク部隊に続き、ベッカーのウーシァ隊を出撃させる。その背後にはスコード教のタブーを無視するほどの危機――宇宙からの脅威の存在があった。

地球上のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすキャピタル・タワー。タワーを護るキャピタル・ガードの候補生ベルリ・ゼナムは、初めての実習で宇宙海賊の襲撃に遭遇して捕獲に協力。捕まった少女アイーダに不思議な何かを感じたベルリは、彼女が「G-セルフ」と呼ぶ高性能モビルスーツを何故か起動できてしまう。宇宙世紀終焉後の時代、リギルド・センチュリーを舞台に少年少女の冒険は世界の真相に直進する。

　まだ幼かったあの日。父、ケン は幼いアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。ちゃんとお別れを言うことができなかったアネモネの小さな胸に深く残る後悔。 　７年が経過した。アネモネは父が散った戦場――東京にいた。人類の敵、７番目のエウレカ＝エウレカセブンと戦うための組織・アシッドの一員として、アネモネには人類の希望が託されていた。そして、アネモネはエウレカセブンの中へとその精神を送り込む。 　アネモネがエウレカセブンの中で出会ったのは、ドミニクという青年と、エウレカという青緑の髪をした少女。この出会いは何を意味するのか。そして、見え隠れするレントンという名の少年の姿。 　アシッドに囚われていた謎の男・デューイは予言する。 「お前たちが見ているエウレカセブンはエウレカセブンではない。偽りの神が創っては破棄した無数の不要な世界。いわばゴミの山だ」 　アネモネとエウレカが出会った時、全ての真実が明らかとなり、新たな世界の扉が開く――。

選択肢のない人生なんてまっぴらだ。寂れた田舎町で、鬱屈した日々を過ごす少年レントンの目の前に突如、謎の美少女エウレカと幻のマシン、ニルヴァーシュが姿を現す。それはレントンの遙かな旅路の始まりだった。エウレカ＝運命と出会ったレントンは、「世界」を知るため、旅立ちを決意する。

主人公アオは、沖縄・磐戸島で老医師トシオと共に暮らしていた。行方不明の母を探す旅に出るために密漁で小銭を稼ぐ日々を過ごすアオ。そこにある日、一台のＦＰ（Flying Platform、小型の空中移動体）が不時着する。ＦＰを運転していたのは日本軍の依頼を受けた運び屋、ガゼル。アオはガゼルの積み荷から、ブレスレットを手に入れる。 その時、島にスカブコーラルが現れ、それを狙って現れる謎のモンスター“シークレット”の攻撃が始まった。磐戸島は、沖縄諸島連合と中国、日本が領有権を争う政治的なスポット。シークレットを排除するため民間企業「ゲネラシオン・ブル」のＩＦＯ部隊「チーム・パイドパイパー」に出動依頼がくだる。 アオはブレスレットに導かれるように、日本軍所有のＩＦＯ、ニルヴァーシュに乗り込んでしまう。これまで誰も起動できなかったニルヴァーシュが稼働したのは、10年前の“あの事件”以来だった。 ニルヴァーシュと出会ったアオは、チーム・パイドパイパーのＩＦＯとともにシークレットと戦うことになる。「後悔したくないから」と覚悟を決めたアオ。それは過去を知り、未来を切り開くアオの旅の始まりとなる――。"

地球上を覆う情報生命体・スカブコーラルと人類の戦いが巻き起こした世界の危機――サマー・オブ・ラブ。その危機から世界を救ったのは、アドロック・サーストンだった。英雄と讃えられるようになるアドロック。だが、その真相を知るものは、最前線で戦ったごく一握りの人間だけだった。 　そして10年の時が流れた。 　アドロックの残された息子レントンは、ビームス夫妻の養子となり、地方都市ベルフォレストで暮らしていた。14歳になり、鬱屈とした日々を送っていたレントンに運命の転機がやってくる。そして、家を飛び出すレントン。そこからレントンは様々な人との出会い、別れを経験する。 　レントンが出会ったひとりは、ファシリティ・ガード隊長のホランド・ノヴァク。一時、ホランド率いるファシリティ・ガードに身を寄せていたレントンだが、結局わずかな時間でそこからも飛び出してしまった。 　レントンが出会ったもうひとりは、少数宗教ヴォダラクの少女。死に瀕した彼女を救うため、レントンは、再会したビームス夫妻の心配をよそに、奔走する。 　人々との出会いと別れは、レントンに大事なことを気づかせる。自分はなぜ、家出をしたのか。自分はなぜ今、この道を走っているのか。

舞台は2030年の日本。 病気の感染者は怪物になり、年齢、性別、人種により姿が変化する。その病気は、変化する多様な種類から「ジビエート（ジビエのようにバラエティに富んでいる）」と呼ばれた。 そんな荒廃した日本に現れた、一組の侍と忍者。 タイムスリップしてきた二人は、ジビエート治療の研究をしている博士に協力し、行動を共にすることになる。 襲い来る数多のジビエ、食糧を求めて旅人を襲う無法者、周囲を敵に囲まれた命懸けの旅が始まる…。