《これは、ゲームであっても遊びではない。》 世界初のVRMMORPG《ソードアート・オンライン》がデスゲームと化し、 １万人のユーザーがゲームの世界に閉じ込められてから、既にひと月以上が過ぎていた。 鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》第一層を攻略したアスナは、 キリトとコンビを組んだまま、最上階を目指し旅を続けていた。 女情報屋アルゴの協力も加わり、攻略は順調に進んでいるかのように見えたが…… 攻略を先導するトッププレイヤー集団、《ALS》（アインクラッド解放隊）と《DKB》（ドラゴンナイツブリゲード）。 本来は共闘すべき2大ギルドの対立が勃発する。 その陰には、暗躍する謎の人物の姿が――。 死と隣合わせの危険な戦いのなか、《攻略》とはまた異なる《脅威》が、 アスナとキリトを巻き込んでいく――！

これは、《閃光》と《黒の剣士》が、その名で呼ばれる前の物語―― あの日、《ナーヴギア》を偶然被ってしまった《結城明日奈》は、 本来ネットゲームとは無縁に生きる中学三年生の少女だった。 ゲームマスターは告げた。 《これはゲームであっても遊びではない。》 ゲームの中での死は、そのまま現実の死につながっている。 それを聞いた全プレイヤーが混乱し、ゲーム内は阿鼻叫喚が渦巻いた。 そのうちの一人であったアスナだが、 彼女は世界のルールも分からないまま頂の見えない鋼鉄の浮遊城《アインクラッド》の攻略へと踏み出す。 死と隣り合わせの世界を生き抜く中で、アスナに訪れる運命的な《出会い》。 そして、《別れ》――。 《目の前の現実》に翻弄されるが、懸命に戦う彼女の前に現れたのは、孤高の剣士・キリトだった――。

2022 年。天才プログラマー・茅場晶彦が開発した世界初のフルダイブ専用デバイス≪ナーヴギア≫―― その革新的マシンはVR(仮想現実)世界に無限の可能性をもたらした。それから4 年……。≪ナーヴギア≫の後継VR マシン≪アミュスフィア≫に対抗するように、一つの次世代ウェアラブル・マルチデバイスが発売された。≪オーグマー≫。フルダイブ機能を排除した代わりに、AR(拡張現実)機能を最大限に広げた最先端マシン。≪オーグマー≫は覚醒状態で使用することが出来る安全性と利便性から瞬く間にユーザーへ広がっていった。その爆発的な広がりを牽引したのは、≪オーディナル・スケール(OS)≫と呼ばれる≪オーグマー≫専用ARMMO RPGだった。アスナたちもプレイするそのゲーム に、キリトも参戦しようとするが……。