「狂気のマッドサイエンティスト」を自称し、いまだ厨二病をひきずる大学生・岡部倫太郎。彼とその仲間たちは偶然、過去へと送信できるメール「Dメール」を発明してしまう。それが引き起こすのは、何度過去改変（世界線の移動）をしても訪れる、仲間の死という残酷な未来だった…。絶望に打ちひしがれる岡部に差すひとすじの光、それは誰も死ぬことのない未来、「シュタインズ･ゲート」と呼ばれる世界線。時間軸を超えて絡まりあった謎を解き明かし、ついに「シュタインズ･ゲート」に辿り着いた岡部。しかしいくつもの世界線を超えた岡部の脳には、多大な“負荷”がかかり始めていた…。