現代に生きる忍の育成機関で学ぶ少女たち。一人前の忍になるためにその青春の全てを捧げ、お互いに切磋琢磨しながら戦い明け暮れる日々を送っている。そんなある日、伝説の忍を祖父に持つ国立半蔵学院2年生の飛鳥は、クリスマスで賑わう東京のとある路地裏で古来より人々に仇なす存在＝妖魔と出くわす…!?　光があれば影がある…総勢28名以上が舞い忍び、最胸の善忍と悪忍の正義がぶつかりあう。命を懸けた忍の少女たちの物語が始まる。

忍――。それは遙か昔、戦国の世にあった影 （かげ）の存在。人の中に隠れ、探り、煽 り、騙し、壊 し、そして殺す――。あらゆる闇の仕事を引き 受けていた陰（かげ）の存在。いつしか人々 の心から 消え去り、おとぎ話のように語られるだけに なってしまった翳（かげ）の存在。しかし、 彼らが人々 の心から消え去ろうとも、人々の業が変わる ことはない。いまだ闇の世界に生きるものは 必要とされ 続けている。忍は今も存在しているのだ。現 代の忍の雇い主は、政治家や大企業の幹部た ち。強大な 権力を持った彼らの中には、忍を己の欲を満 たすための道具と考えているものもいる。そ んな闇に動 かされた"悪忍"たちに対抗するために、政府 はあるプロジェクトを立ち上げた。"善忍"―― そう呼ば れる国家所属の忍を育成する機密プロジェク トである。そして"善忍"を育成するために作 られた機関 が「内閣特務諜報部諜報一課付特殊機密諜報 員養成所」――通称、忍学科。学生数1000人を 抱える名 門マンモス進学校「国立半蔵学院」の知られ ざる裏の姿。この物語は悪と戦う"善忍"とな ることに青 春を捧げた、国立半蔵学院忍学科に籍を置く 5人の少女たちの愛と勇気の軌跡である。