シャロ、ネロ、エリー、コーデリアの４人は、トイズと抜群のチームワークで数多くの事件を解決してきた「ホームズ探偵学院」の人気者。彼女たち「ミルキィホームズ」は学生だけでなく偵都ヨコハマの市民たちからも憧れの的だった。だが、ある嵐の夜、宿敵「怪盗帝国」とのバトルの最中に「ミルキィホームズ」の4人はそれぞれのトイズを失い、その運命は激変してしまう・・・。

トイズ。それは選ばれし者の心に膨らむ奇跡のつぼみ。 大探偵時代──それはトイズを花咲かせた探偵と怪盗が美しさを競い合う時代であった。 だが世はいまや、大アイドル時代。数多のアイドルたちもまた美しき花を咲かせ競い合う。 そんな折、アイドルたちの歌が奪われるという事件が偵都ヨコハマで頻発する。 その災厄はスーパーアイドル・天城茉莉音(あまぎまりね)の身にも降りかかり、彼女の大ヒット曲❝奇跡の歌❞もまた奪われてしまう。 そこで立ち上がったのが❝ミルキィホームズ❞。茉莉音から❝奇跡の歌❞の奪還を依頼された４人は、茉莉音のため、事件解決のために芸能界を奔走する！ 一体誰が、何のために、アイドルから歌を奪ったのか？！そして、奪われた歌を取り戻す方法とは？！❝ミルキィホームズ❞の新たなる戦いが、いま始まる！！

偵都ヨコハマに世の中を揺るがす『怪盗帝 国』とそれを正す少女探偵団『ミルキィホー ムズ』が現れてから２年。 ヨコハマの街にはつかの間の平穏が訪れていた。 その街に住むカズミとアリスは幼馴染同士の １３歳。違う探偵学院に通いつつも帰り道で 落ち合うなど、毎日仲良く探偵になるための 勉学に励んでいた。 そんなある日、街で逃げ去る怪盗を見かけた ２人。追いかけた先で彼女たちが見たものは……？