小さい頃から、他の人には見えない妖（あやかし）を目に映すことができた夏目貴志。亡き祖母レイコが勝負をしかけ、負かした妖に名前を書かせた契約書の束「友人帳」を継いで以来、自称用心棒・ニャンコ先生とともに、妖たちに名を返す日々―― 人と妖の間で忙しい毎日を送る夏目は、偶然昔の同級生・結城と再会したことで、妖にまつわる苦い記憶を思い出す。そんな頃、夏目は、名前を返した妖の記憶に出てきた女性・津村容莉枝と知り合う。レイコのことを知る彼女は、いまは一人息子の椋雄とともに穏やかに暮らしていた。彼らとの交流に心が和む夏目。だが、親子の住む町には謎の妖が潜んでいるらしかった。そのことを調べに行った帰り、ニャンコ先生の体についてきた"妖の種"が、藤原家の庭先で、一夜のうちに木となって実をつける。どことなく自分に似た形のその実を食べてしまったニャンコ先生が、なんと3つに分裂してしまう――!?

小さい頃から妖怪を見ることができた少年・夏目貴志は、祖母レイコの遺産「友人帳」を受け継ぎ、自称用心棒のニャンコ先生と共に、そこに名を縛られた妖怪たちに名を返す日々を送る。 妖と、そこに関わる人との触れ合いを通して、自分の進むべき道を模索し始めた夏目は、想いを共有できる友人たちにも助けられながら、大切な日々を守るすべを見つけていこうとする。

小さい頃から妖怪を見ることができた少年・夏目貴志。 祖母レイコが遺した遺産「友人帳」を継いで以来、彼は自称用心棒・ニャンコ先生と共に、そこに名を縛られた妖怪たちに名を返す日々を送る。 さまざまな妖や人と繋がり、絆を深めていく中、増えてしまった大切なものたち。守るために秘密を持つことに惑いながら、夏目は少しずつ、勇気を出して、次の関係へと踏み出していく。

二六〇年あまり続いた江戸時代が終焉を迎え、明治という新たな時代が幕を開け始める。 しかし、そこには士道を貫かんと、身命を賭して戦い続ける男たちがいた。 薩長土を中心とした新政府軍と、徳川家臣を中心とした旧幕府軍との熾烈な争い―― 戊辰戦争に身を投じていく新選組。 自らの宿命に手繰り寄せられるように、彼らは苛烈な道へ歩を進めていく。 慶応四年一月。鳥羽伏見の戦いに敗れ、江戸へ戻った新選組。新政府軍との再戦を望む彼らに待っていたのは、甲府城で敵を迎え撃つこと。 己の信じた士道に従い戦いをあきらめない土方らに、千鶴も決意をもって接することとなる。 また、新たな勢力の拡大によって、羅刹と鬼の関係にも変化が生じていくのだった。