最高権力者ラインハルトの善政による改革が国民からも支持されている銀河帝国と、不敗の魔術師ヤンらの活躍も空しく、政府の腐敗による国力低下が著しい自由惑星同盟。両国間の勢力バランスに大きな変化が生じる中、第三の勢力フェザーンの自治領主ルビンスキーは、自由惑星同盟を見限り、大きな陰謀をめぐらせていた。ラインハルトは、幼い銀河帝国皇帝の誘拐と自由惑星同盟への亡命というその企みを知りながらも、自身の野望のため利用しようと考える。ヤンも同盟に最大の危機が迫りつつあることは予感していたが……。そんな中、正式な軍人になったユリアンをフェザーンの駐在武官に任命する命令が届く。

2012年7月から同年12月まで放送されたTVアニメ『トータル・イクリプス』の舞台となった2001年から遡ること18年。 1983年の東ドイツでは、東方から押し寄せるBETA群に対して、苛烈な戦いが繰り広げられていた。 絶望的な戦況と国家権力の重圧によって他人を信じられなくなっていた東ドイツの衛士、テオドールは偶然にも西ドイツ軍の衛士である少女を救出する。 その少女、カティアはある純真な想いを胸に東ドイツへ亡命、 そしてテオドールの所属する第666戦術機中隊シュヴァルツェスマーケンへの編入を希望する。 カティアとの出会い、そして、中隊指揮官アイリスディーナの思惑が絡み合い、テオドールの運命が大きく動き出す。