｢これは永遠の拷問。｣ 伊豆諸島、六軒島。全周10kmにも及ぶこの島が、観光パンフに載ることはない。 なぜなら、大富豪の右代宮家が領有する私的な島だからである。 年に一度の親族会議のため、親族たちは島を目指していた。 議題は、余命あと僅かと宣告されている当主、金蔵の財産分割問題。天気予報が台風の接近を伝えずとも、島には確実に暗雲が迫っていた…。 六軒島大量殺人事件(1986年10月4日～5日) 速度の遅い台風によって、島に足止めされたのは18人。 電話も無線も故障し、隔絶された島に閉じ込められた。 彼らを襲う血も凍る連続殺人、大量殺人、猟奇の殺人。 台風が去れば船が来るだろう。警察も来てくれる。 船着場を賑わせていたうみねこたちも帰ってくる。 そうさ、警察が来れば全てを解決してくれる。 俺たちが何もしなくとも、うみねこのなく頃に、全て。 うみねこのなく頃に、ひとりでも生き残っていればね…?

現実とは少し異なった地球。そこは「紅（ルビ：あか）の世界」よりの侵略者【ナイトフライオノート】の脅威にさらされていた。 人類は彼らに対抗するため、対位相外防衛機関【LAG（ラグ）】を設立、対ナイトフライオノート戦闘ユニット【スカーレッドライダー】を結成し、過去五回の全滅を繰り返しながら戦い続けていた。 やがて一人の少女、麻黄アキラが教官兼指揮官としてLAGへ着任すると、止まっていたナイトフライオノートの侵攻が再び始まる。 第六戦闘ユニット【スカーレッドライダーゼクス】のメンバー達は、アキラと共に世界を守るため、戦いに身を投じていく。これは彼女と少年たちの、愛と友情と、戦いの物語である。

ある森に「森の民」という種族のポポという 少年が、母(ピア)と二人で暮らしていました。 ポポは樹液を取りに森へと出かけるとかつて 父（ペレ）が使っていた「星読み台」に立ち 寄り、父のことを思い出しました。父はポポ が幼い頃、東の空が赤く光るという現象が起 こると理由も告げず旅立ってしまったのです。 思い出に浸るポポの目に森の一点が歪んで見 えました。そこは「遺跡」と呼ばれる禁断の 場所。ポポが近づくと「遺跡」が輝き始め、 父から渡された「守護者の証」も反応し光を 放ちます。ポポは怖くなってその場から逃げ だしました。すると、目の前に謎の男（パ サー）が現れて父のことを侮辱してきます。 ポポは怒りますが、森が不吉で異様な変化を しているため、パサーを振りきり母の元へと 急ぎました。ポポが家に着くと母は植物のよ うな姿に変わり果てていて、ポポにこの森を 出るように促し、ポポも父親と同じく「森の 守護者」であることを告げると動かなくなっ てしまいました。ポポは母を治せるのは父だ けと思い、探しに出るため故郷の森を出まし た。すると突然、謎の巨大甲虫（コーカサス オオカブト）に襲われます。が、一匹の謎の カブトムシ(ムシキング)が現れてコーカサス を撃退し、飛び去って行きました。そのカブ トムシと入れ替わるように、喋る小さ なカブトムシ（チビキング）がポポの前に現 れ、ポポの仲間になり、二人は共に旅立つこ とに...。