英国・ウェールズの魔法学校を卒業し、魔法使い見習いとなった10歳の少年ネギ・スプリングフィールド。 彼は、父親のような最上級の魔法使い「マギステル・マギ」になりたいと願い、日本にある麻帆良学園へと修行のために派遣されることになった。 生徒数３万人以上、広大な敷地内に大学から幼稚園までのあらゆる教育施設、 さらには学生寮、病院、レストラン、巨大アーケードまで、なんでも揃っている巨大学園都市・麻帆良学園。 その女子中等部２年Ａ組の担任になったネギだが、さっそくクラスの女の子から「お子ちゃま先生」と、先生の威厳もなく子供扱い。 それどころか、魔法使いであるとバレると厳罰となってしまうにもかかわらず、初日からいきなり自分のクラスの生徒である神楽坂明日菜に、 魔法使いであると感づかれそうになったり、空き部屋がないからと、女子寮にある明日菜と近衛木乃香と相部屋になったりと苦労の連続！ さらに謎のドラキュラ事件も勃発。生徒のために戦うことになったネギ先生だが、彼らの信頼を得ることができるのか？　そして、この修行を乗り越え、 父親のような「マギステル・マギ」へと辿り着くことができるのか？

見習い魔法使いネギ、マギステル・マギになるため、ただいま修行中！ 魔法学校を無事卒業した子供のネギ・スプリングフィールド。立派な魔法使い「マギステル・マギ」になるため、 ネギはニッポンにある麻帆良学園中等部で教師をすることになった。だが、そんなネギの周りで次から次へと巻き起こるトラブル、騒動、大問題！ 果たして、ネギはマギステル・マギになることができるのか…!?

日本を揺るがすテロ事件が勃発する中、デー トの最中だった笠原郁と堂上篤に緊急招集が かかった。新たな任務は、小説家・当麻蔵人 の身辺警護。テロの手口に小説の内容が酷似 しているとして、メディア良化委員会は作家 狩りを始めたのだ。法廷闘争が始まる中、郁 たち図書特殊部隊は判決まで当麻を守りきら なければならない。図書隊と良化隊の衝突が 激化する中、重傷を負ってしまう堂上。動揺 する郁に、堂上は任務の遂行を託す。郁は、 当麻を守り、表現の自由を守ることが出来る のか!? ――そして郁と堂上とのもどかしい恋 の結末は!?