都立ツツジ台高校。 放課後の教室で、響裕太は記憶の中にあるはずのグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。 かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。 その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。 ２年生に進級し、六花と別のクラスになった裕太は告白を決意する。 そんな平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始めた。 裕太に訪れる危機の最中、突如現れるグリッドマンは語りかける。 「この世界のバランスが崩れようとしている」 やがて真紅の強竜ダイナレックスや、グリッドマンの協力者である新世紀中学生、そして別世界の住人、麻中蓬たちも裕太の前に次々と現れる。 六花への想いを秘めたまま、裕太の非日常が始まった。

主人公の少年・新海ハル（中１）は、選ばれし人間だけが扱える "アプリドライヴ"を手に入れ、検索アプリのモンスター・ガッチモンと出会う。 ガッチモンによると、スマホの奥に広がるインターネットの海で、 今"凶悪なるラスボス人工知能・リヴァイアサン"がとんでもないことを企んでいるらしい。 日々、友達に比べて自分はどこか脇役っぽいと感じていたハルは、 その騒動を巡って、初めて大きな一歩を踏み出す。 「なるんだ！ボクがホントの主人公に！」 その決意のもと、ガッチモンとペアリングし、バディーとなったハルは、 "アプモンチップ"となって現実世界に出てきたガッチモンを、 "アプリドライヴ"によって実体化="アプリアライズ"させて、敵のアプモンに立ち向かう！ 他のアプモンの力を借りる"アプリンク"。 そして、新たなアプモンに進化する"アプ合体"を駆使し、ハルは騒動を起こすアプモンとアツく戦い、 ネットの海に潜む人口知能について知っていく。すべての鍵を握るのは優しさ。 仲間とともに現実と向き合い、 自分の人生の選択をしていく新感覚バディストーリー。