ニンジャ抗争で妻子を殺されたサラリマン、フジキド・ケンジ。 彼自身も死の淵にあったそのとき、謎のニンジャソウルが憑依。 一命をとりとめたフジキドは「ニンジャスレイヤー」 ――ニンジャを殺す者となり、復讐の戦いに身を投じる。 近未来都市ネオサイタマを舞台に、ニンジャスレイヤーvsニンジャの死闘が始まった。 マッポーの世に救いは無いのか？ 走れ、ニンジャスレイヤー、走れ！