人の意思に応え、あらゆる事を可能にする未知なる力｢ビアトリス｣。『現出した魔法』と呼ばれる軌跡の物質を、理解し、操り、知り抜くすべを教える日本で唯一の学校が、東京ビアトリス総合大学附属高等学校(通称 東ビ大附属)である。幼い頃、ビアトリスの奇跡に命を救われた高校生｢吉村護(高校一年生)｣は、東ビ大附属への転校が決まり、希望に胸を膨らませていた。そして転校初日……満開に咲き誇る、秋の桜の下、護は一人の少女に出会った。｢あなた、私と付き合いなさい｣それが護と、絢子の運命の出会いだった。鷹栖絢子は護より一つ年上の二年生にして生徒会治安部長。大物政治家の孫娘にして容姿端麗のお嬢様。世界でも3本の指に入る実力の持ち主で、衛星をも打ち落とす事ができる天才的ビアトリス使い。通称、｢魔女ベアトリーチェ｣｢ビアトリスの死天使｣、として周りから恐れられているが、実はとっても純情な女の子。

ブギーポップとは女の子たちの間で噂される謎の人物。「その人が最も美しい時に、それ以上醜くなる寸前に殺す」死神という奇妙な噂とも怪談ともつかぬ話が広まっている。しかし正体は宮下藤花という女子高生のもうひとつの人格で、「周囲に危機を察した時」に宮下藤花から自動的に浮かび上がってくるという…。