コクリュウを社長とする新進企業が生み出した 新しいメダロット、デスメダロットーーー。 子供たちと共に戦う友達だった「メダロット」に対し、ただロボトルに勝利することのみを目的として作られた攻撃的で冷徹な「デスメダロット」が、子供達の間で流行し始めた。 これまで通りの楽しいロボトルを続けていたイッキとメタビーに、デスメダロットたちが襲いかかる。 イッキとメタビーの勇気と絆による魂のロボトルが 始まった。

人間とロボットが共存する近未来。子供達の間では、「ロボトル」というメダロットを戦わせる競技が流行していた。 イッキは、ふとしたきっかけでメダロットの頭脳となるレアメダルを拾い、“メタビー”というメダロットにめぐり合うことに。二人が、知恵・勇気・友情でロボットバトルに立ち向かっていく友情と成長の物語。