西暦2068年。銀河辺境のウィンダミア王国と新統合政府の紛争は、ハヤテやミラージュの所属するバルキリー隊と戦術音楽ユニット“ワルキューレ”の歌の力により鎮静化した。ワルキューレは、フレイアの故郷ウィンダミアで、停戦記念LIVEを開催。。だが、謎の戦闘部隊ヘイムダルの戦艦があらわれ、ウィンダミアの村を襲撃した。ヘイムダルが送り出すバーチャロイドと無人可変戦闘機Sv-303にワルキューレとΔ小隊は翻弄されてしまう…。