《SAO》事件から一年が経ったある日、キリトは、総務省《仮想化》の菊岡誠二郎から 奇妙な依頼を受ける。 それは、銃と鋼鉄のVRMMO《ガンゲイル・オンライン（GGO）》で突如発生した 怪現象《死銃（デス・ガン）》事件の捜査であった。 漆黒の銃を持つ謎のアバターに撃たれたプレイヤーは、 実際に現実世界でも《死》に至る……。 その不気味な事件の捜査を断りきれなかったキリトは、 《仮想世界》が《現実世界》へ物理的に影響を及ぼすことに疑いを抱きつつも、 《GGO》へとログインする。 《死銃》の手がかりを掴むべく、不慣れなゲーム内を彷徨うキリト。 そんな彼に救いの手を差し伸べたのは、長大なライフル《ヘカートⅡ》 を愛用するスナイパーの少女・シノンだった。 彼女の力を借りたキリトは、自らがターゲットとなって《死銃》との接触を試みるべく、 全ガンナーの頂点たる対人トーナメント《バレット・オブ・バレッツ》に挑む……。